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Yorodumi- PDB-5x80: CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTE... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x80 | |||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTEIN RV2887 COMPLEX WITH SALICYLIC ACID | |||||||||
Components | Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887 | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / WHTH MOTIF / HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA BINDING / P-AMINOSALICYLIC ACID BINDING / SALICYLIC ACID BINDING | |||||||||
Function / homology | Function and homology information response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Gao, Y.R. / Li, D.F. / Wang, D.C. / Bi, L.J. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Structural analysis of the regulatory mechanism of MarR protein Rv2887 in M. tuberculosis Authors: Gao, Y.R. / Li, D.F. / Fleming, J. / Zhou, Y.F. / Liu, Y. / Deng, J.Y. / Zhou, L. / Zhou, J. / Zhu, G.F. / Zhang, X.E. / Wang, D.C. / Bi, L.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x80.cif.gz | 213 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x80.ent.gz | 170.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x80.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5x80_validation.pdf.gz | 489.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5x80_full_validation.pdf.gz | 495.7 KB | Display | |
Data in XML | 5x80_validation.xml.gz | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5x80_validation.cif.gz | 30.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/5x80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/5x80 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hsmC 5hsoC 5x7zSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17012.662 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: H37Rv / Gene: Rv2887, MTCY274.18 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P9WME9 #2: Chemical | ChemComp-SAL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 / Details: 0.1M CITRIC ACID, PH 3.5, 2.0M AMMONIUM SULFATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 21, 2012 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→57.97 Å / Num. obs: 21945 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.037 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 7.7 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2932 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.124 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 82.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5X7Z Resolution: 2.4→57.968 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→57.968 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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