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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5x7k
タイトル
Crystal structure of the nucleotide-binding domain (NBD) of LipB, a ABC transporter subunit of a type I secretion system
要素
Lipase B
キーワード
TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / walker A / walker B / NBD / nucleotide binding domain / type I secretion system / T1SS (分泌) / protein secretion / translocation system
機能・相同性
機能・相同性情報
protein secretion by the type I secretion system / type I protein secretion system complex / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能
ATPase, type I secretion system, PrtD-like / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ATPase, type I secretion system, PrtD-like / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 21754 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.061 / Net I/av σ(I): 18.05 / Net I/σ(I): 18.05
反射 シェル
解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 996 / Χ2: 0.509 / % possible all: 90.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0155
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
MOLREP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→35.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 12.765 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.26133
1116
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.20447
-
-
-
obs
0.20752
20626
98.35 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK