PDB-5x5i: The X-ray crystal structure of a TetR family transcription regula...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x5i

タイトル

The X-ray crystal structure of a TetR family transcription regulator RcdA involved in the regulation of biofilm formation in Escherichia coli

要素

HTH-type transcriptional regulator RcdA

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TetR family transcription regulator / master transcription regulator / dimer / biofilm formation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.554 Å

データ登録者

Sugino, H. / Usui, M. / Shimada, T. / Nakano, M. / Ogasawara, H. / Ishihama, A. / Hirata, A.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: A structural sketch of RcdA, a transcription factor controlling the master regulator of biofilm formation.
著者: Sugino, H. / Usui, T. / Shimada, T. / Nakano, M. / Ogasawara, H. / Ishihama, A. / Hirata, A.

履歴

登録	2017年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x5i.cif.gz	551.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x5i.ent.gz	474.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pm1-d 2dg8-2 6azh-d 3im1-d 2dg8-1 4jkz-1 3m18-d 3bru-d 3t6n-d 2zcn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator RcdA

B: HTH-type transcriptional regulator RcdA

C: HTH-type transcriptional regulator RcdA

D: HTH-type transcriptional regulator RcdA

E: HTH-type transcriptional regulator RcdA

F: HTH-type transcriptional regulator RcdA

G: HTH-type transcriptional regulator RcdA

H: HTH-type transcriptional regulator RcdA

177 kDa, 8 ポリマー
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1

A: HTH-type transcriptional regulator RcdA

E: HTH-type transcriptional regulator RcdA

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2

B: HTH-type transcriptional regulator RcdA

G: HTH-type transcriptional regulator RcdA

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3

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4

D: HTH-type transcriptional regulator RcdA

H: HTH-type transcriptional regulator RcdA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.477, 75.967, 110.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 89.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator RcdA / Regulator of csgD 分子量: 22082.688 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rcdA, ybjK, b0846, JW5114 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75811
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4% PEG 400, 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M L-proline

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50.01 Å / Num. obs: 79510 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 47
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.292 / Num. unique all: 7568

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.554→37.983 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2665	3939	4.96 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2013	79481	98.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.554→37.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10930	0	0	10	10940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	11142
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.393	15052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.812	6764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.554-2.5851	0.3693	136	0.2772	2464	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5851-2.6179	0.4152	134	0.2373	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6179-2.6523	0.3107	144	0.2239	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6523-2.6886	0.3161	138	0.2117	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6886-2.727	0.3214	154	0.2071	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
2.727-2.7677	0.298	142	0.2147	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7677-2.8109	0.3222	128	0.2131	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8109-2.857	0.2685	140	0.2104	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.857-2.9063	0.2612	150	0.2131	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9063-2.9591	0.2801	138	0.2216	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9591-3.016	0.3433	138	0.2294	2576	X-RAY DIFFRACTION	98
3.016-3.0775	0.3763	140	0.2358	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0775-3.1444	0.3498	150	0.2376	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1444-3.2175	0.2864	150	0.2299	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2175-3.2979	0.3618	144	0.2213	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2979-3.387	0.3022	134	0.196	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
3.387-3.4866	0.2477	150	0.1949	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4866-3.5991	0.341	140	0.2123	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5991-3.7276	0.3004	138	0.1943	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7276-3.8767	0.2456	154	0.1909	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8767-4.053	0.2297	132	0.1777	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
4.053-4.2664	0.228	138	0.1682	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2664-4.5333	0.2155	124	0.1766	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5333-4.8827	0.2192	138	0.1576	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8827-5.3728	0.2527	134	0.1885	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3728-6.1474	0.2358	126	0.2409	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1474-7.7343	0.2422	152	0.204	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7343-37.9877	0.203	153	0.1673	2535	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3194	0.0893	-0.6269	1.2195	0.4575	2.2134	-0.0362	0.2816	-0.0865	-0.1454	0.0447	-0.0257	-0.1593	-0.0236	-0.0362	0.2966	-0.0088	0.0124	0.3283	-0.0475	0.1949	-7.3892	31.6008	-36.6102
2	1.2761	-1.2583	-2.5767	1.2852	0.8023	3.7749	0.1564	-0.0975	0.0758	-0.2933	-0.0688	0.0199	-0.243	0.1545	-0.1035	0.2753	-0.0352	-0.043	0.3251	-0.0634	0.2681	-2.0807	-2.5109	0.2546
3	1.0879	-0.0812	0.7889	1.7047	-0.4586	2.4827	-0.0291	0.3501	0.0516	-0.178	-0.0191	-0.0225	0.0173	0.0405	-0.0154	0.2654	-0.0139	0.0122	0.3635	0.0141	0.1793	5.9833	19.6391	17.6628
4	1.187	-1.1175	2.8434	1.2152	-1.4879	3.3512	0.1568	-0.0369	-0.1254	-0.3003	-0.0511	0.0178	0.2893	-0.0992	-0.1046	0.3299	0.005	0.0542	0.3377	0.0307	0.2595	1.3074	53.9061	-54.746
5	0.9399	1.1193	2.336	0.7196	1.25	3.2117	0.1389	0.0757	-0.1025	0.2149	-0.0589	0.0343	0.3091	0.1115	-0.0723	0.327	-0.0026	0.0417	0.3527	-0.045	0.2744	-21.7855	15.8353	-34.7804
6	1.014	0.5565	-2.0472	1.0199	-0.5343	3.4196	0.0518	0.0507	0.0409	0.2045	-0.0336	0.002	-0.078	-0.087	-0.0538	0.3104	-0.0179	-0.022	0.3488	0.0087	0.2602	20.3313	35.3445	20.4102
7	1.3781	-0.0019	0.647	1.8454	0.8784	3.0694	-0.0353	-0.3508	0.0474	0.34	0.0688	0.0449	0.2999	0.039	-0.0279	0.3113	0.0374	0.0047	0.3363	-0.0308	0.1401	12.0186	-18.2097	3.1969
8	1.0795	0.1956	-0.6505	1.7919	-0.9214	2.3653	-0.0013	-0.3195	-0.0356	0.2259	0.0449	-0.0126	-0.2727	-0.0042	-0.0389	0.2663	0.0267	0.0075	0.3673	0.016	0.1812	-13.4318	69.7323	-51.715
9	0.3542	0.0035	-0.0504	0.12	-0.2266	0.1298	0.1044	0.1632	-0.0372	-0.0048	-0.0384	0.114	-0.0128	-0.1107	0.3936	0.4051	0.2077	0.0319	0.2465	0.1052	0.2171	-7.494	36.1511	-32.5872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 9:182)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 7:179)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 7:180)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 6:180)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq 5:180)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resseq 6:180)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain G and resseq 8:181)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resseq 8:180)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resseq 201:203) or (chain H and resseq 201:203) or (chain E and resseq 201:201) or (chain D and resseq 201:201) or (chain G and resseq 201:202)

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