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Yorodumi- PDB-5x42: Structure of DotL(590-659)-DotN derived from Legionella pneumophila -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x42 | ||||||
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Title | Structure of DotL(590-659)-DotN derived from Legionella pneumophila | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system / Coupling protein complex / Effector translocation | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein transport / endonuclease activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Oh, B.H. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2017 Title: Architecture of the type IV coupling protein complex of Legionella pneumophila Authors: Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, H. / Kim, C. / Bowman, J.W. / Kim, S. / Joo, K. / Lee, J. / Jin, K.S. / Kim, Y.G. / Lee, N.K. / Jung, J.U. / Oh, B.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x42.cif.gz | 128.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x42.ent.gz | 96.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x42.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x42 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22173.303 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 7-201 / Mutation: E35A, R60A, S207A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) Gene: dotN, icmJ, ERS240541_02347, ERS253249_00846, PtVF89_00655 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O54599, UniProt: Q5ZYB7*PLUS | ||||||
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#2: Protein | Mass: 7714.727 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 590-659 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: icmO, lpg0446 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5ZYC6 #3: Protein | | Mass: 24319.541 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 2-214 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: icmJ, lpg0455 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5ZYB7 #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.35 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 100mM sodium malonate (pH 4.0), 10%(v/v) PEG3350, 20%(v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1.2828 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2828 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 104008 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 26.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 2.161 / Net I/σ(I): 14.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→48.58 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.72 / Phase error: 28.18 Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.34 Å2 / Biso mean: 37.9366 Å2 / Biso min: 15.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→48.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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