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- PDB-5wyl: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wyl
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain in complex with Utp17 C-terminal helices
要素(Putative uncharacterized protein) x 2
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/NUCLEAR PROTEIN (リボソーム) / nucleolar protein (核小体) / protein complex (タンパク質複合体) / components of 90S preribosome / RIBOSOMAL PROTEIN-NUCLEAR PROTEIN complex (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


t-UTP complex / positive regulation of rRNA processing / snoRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / 核小体 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
BP28, C-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...BP28, C-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.638 Å
データ登録者Chen, R. / Zhu, X. / Ye, K.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Molecular architecture of the 90S small subunit pre-ribosome.
著者: Qi Sun / Xing Zhu / Jia Qi / Weidong An / Pengfei Lan / Dan Tan / Rongchang Chen / Bing Wang / Sanduo Zheng / Cheng Zhang / Xining Chen / Wei Zhang / Jing Chen / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye /
要旨: Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the ...Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the nearly complete architecture of 90S determined from three cryo-electron microscopy single particle reconstructions at 4.5 to 8.7 angstrom resolution. The majority of the density maps were modeled and assigned to specific RNA and protein components. The nascent ribosome is assembled into isolated native-like substructures that are stabilized by abundant assembly factors. The 5' external transcribed spacer and U3 snoRNA nucleate a large subcomplex that scaffolds the nascent ribosome. U3 binds four sites of pre-rRNA, including a novel site on helix 27 but not the 3' side of the central pseudoknot, and crucially organizes the 90S structure. The 90S model provides significant insight into the principle of small subunit assembly and the function of assembly factors.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3024
ポリマ－116,3024
非ポリマー00
水99155
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1512
ポリマ－58,1512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1512
ポリマ－58,1512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.309, 98.309, 235.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Utp10


分子量: 52228.414 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-471 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0024640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5L1
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Utp17


分子量: 5922.624 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 907-960 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0058290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCS8
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes-Na, 20% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→49.154 Å / Num. obs: 34951 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.992 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 35.46 / Num. measured all: 943385
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.64-2.80.18515.87161583552155180.9970.18899.9
2.8-2.990.13922.86151429521352130.9980.141100
2.99-3.230.11129.76137629486948680.9990.113100
3.23-3.530.08638.35120229449444940.9990.088100
3.53-3.950.07644.31104596409740970.9990.078100
3.95-4.560.06948.2991462364736460.9990.071100
4.56-5.570.06750.0679024312731270.9990.068100
5.57-7.820.06550.6561653248024800.9980.066100
7.82-49.1540.07850.1435780151915080.9970.0899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(1.11rc1_2513: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WY4

5wy4


解像度: 2.638→39.01 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 1998 5.72 %
Rwork0.2118 32912 -
obs0.215 34910 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.35 Å2 / Biso mean: 62.3908 Å2 / Biso min: 31.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.638→39.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7031 0 0 55 7086
Biso mean---54.87 -
残基数----909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0299726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1684373
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6376-2.70350.39261390.277222902429100
2.7035-2.77660.34991410.261523152456100
2.7766-2.85830.30491390.256322962435100
2.8583-2.95050.33961400.263423152455100
2.9505-3.05590.34991410.269223142455100
3.0559-3.17820.33541410.258823312472100
3.1782-3.32280.31421420.252123232465100
3.3228-3.49790.29471410.242323402481100
3.4979-3.71690.28291410.22823212462100
3.7169-4.00360.28891430.204923472490100
4.0036-4.4060.25451430.181223712514100
4.406-5.04240.21261450.170523832528100
5.0424-6.34850.23521480.198324222570100
6.3485-39.01420.20941540.19042544269899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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