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Yorodumi- PDB-5wkq: 2.10 A resolution structure of IpaB (residues 74-242) from Shigel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wkq | ||||||
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Title | 2.10 A resolution structure of IpaB (residues 74-242) from Shigella flexneri | ||||||
Components | Invasin IpaB | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Shigella / type III secretion / T3SS / IpaB / translocon | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell membrane / host cell nucleus / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.L. / Picking, W.D. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2018 Title: Using disruptive insertional mutagenesis to identify the in situ structure-function landscape of the Shigella translocator protein IpaB. Authors: Barta, M.L. / Tachiyama, S. / Muthuramalingam, M. / Arizmendi, O. / Villanueva, C.E. / Ramyar, K.X. / Geisbrecht, B.V. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.L. / Picking, W.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wkq.cif.gz | 193.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wkq.ent.gz | 158.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wkq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wkq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3u0cS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19578.061 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 74-242 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Gene: ipaB, CP0128 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P18011 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.0) and 15% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→42.86 Å / Num. obs: 34988 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 233850 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U0C Resolution: 2.1→35.873 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / Phase error: 27.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 181.61 Å2 / Biso mean: 58.0747 Å2 / Biso min: 22.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→35.873 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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