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- PDB-5wjn: Crystal Structure of HLA-A*11:01-GTS3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wjn
タイトルCrystal Structure of HLA-A*11:01-GTS3
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • GTS3 peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HLA / TCR / dengue (デング熱) / CD8 T cells (細胞傷害性T細胞)
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / endoplasmic reticulum exit site / フラビビリン / host cell mitochondrion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / カプシド / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / nucleoside-triphosphate phosphatase / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / protein complex oligomerization / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / monoatomic ion channel activity / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / antibacterial humoral response / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / protein homotetramerization / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / intracellular iron ion homeostasis / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / amyloid fibril formation / RNA helicase activity / learning or memory
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Germline bias dictates cross-serotype reactivity in a common dengue-virus-specific CD8(+) T cell response.
著者: Culshaw, A. / Ladell, K. / Gras, S. / McLaren, J.E. / Miners, K.L. / Farenc, C. / van den Heuvel, H. / Gostick, E. / Dejnirattisai, W. / Wangteeraprasert, A. / Duangchinda, T. / ...著者: Culshaw, A. / Ladell, K. / Gras, S. / McLaren, J.E. / Miners, K.L. / Farenc, C. / van den Heuvel, H. / Gostick, E. / Dejnirattisai, W. / Wangteeraprasert, A. / Duangchinda, T. / Chotiyarnwong, P. / Limpitikul, W. / Vasanawathana, S. / Malasit, P. / Dong, T. / Rossjohn, J. / Mongkolsapaya, J. / Price, D.A. / Screaton, G.R.
履歴
登録2017年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GTS3 peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: GTS3 peptide
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: GTS3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,86110
ポリマ－133,8229
非ポリマー391
水6,107339
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GTS3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6464
ポリマ－44,6073
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: GTS3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6073
ポリマ－44,6073
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
3
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: GTS3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6073
ポリマ－44,6073
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.325, 145.522, 106.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain / MHC class I antigen A*11


分子量: 31725.936 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13746, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド GTS3 peptide


分子量: 1002.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GL Biochem / 由来: (合成) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: Q6YMS4*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 % / Mosaicity: 0.49 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 1.4-1.8M NH4SO4, 0.1M Na-cacodylate pH6.5, 200mM NaCl, 2% Ethylen glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→45.67 Å / Num. obs: 47263 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 65.69 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-33.90.5992707270230.670.0310.0610.0522.1100
9.01-48.973.60.052534714960.9930.0430.0830.07114.495.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→45.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9245 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.631 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.598 / SU Rfree Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.299
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 2388 5.06 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.202 47215 98.09 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2132 Å20 Å2-0.5022 Å2
2--0.9734 Å20 Å2
3----1.1866 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.402 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9439 0 1 339 9779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0079695HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9913148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3354SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes279HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1406HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9695HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1201SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10569SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 143 4.01 %
Rwork0.2536 3424 -
all0.2549 3567 -
obs--98.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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