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- PDB-5wdr: Choanoflagellate Salpingoeca rosetta Ras with GMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wdr
タイトルChoanoflagellate Salpingoeca rosetta Ras with GMP-PNP
要素Ras proteinRasタンパク質
キーワードONCOPROTEIN (がん遺伝子) / HYDROLASE (加水分解酵素) / small G-protein (低分子量GTPアーゼ) / GTPase (GTPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activity / GTP binding / シグナル伝達 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Rasタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Salpingoeca rosetta (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kondo, Y. / Gee, C.L. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI091580 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Deconstruction of the Ras switching cycle through saturation mutagenesis.
著者: Bandaru, P. / Shah, N.H. / Bhattacharyya, M. / Barton, J.P. / Kondo, Y. / Cofsky, J.C. / Gee, C.L. / Chakraborty, A.K. / Kortemme, T. / Ranganathan, R. / Kuriyan, J.
履歴
登録2017年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras protein
B: Ras protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1558
ポリマ－39,0162
非ポリマー1,1396
水3,387188
1
A: Ras protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0774
ポリマ－19,5081
非ポリマー5693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0774
ポリマ－19,5081
非ポリマー5693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.562, 119.106, 38.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ras protein / Rasタンパク質


分子量: 19507.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 遺伝子: PTSG_05504 / プラスミド: pProEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2UBE5, 低分子量GTPアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15 % PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium acetate, 50 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
詳細: Pt/Rh coated collimating and toroid focusing mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.7 Å / Num. obs: 40589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1969 / CC1/2: 0.428 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5WDS

5wds


解像度: 1.6→34.261 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 2065 5.09 %
Rwork0.2285 --
obs0.231 40549 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 68 188 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2343902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6351750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.63720.36711370.32497X-RAY DIFFRACTION100
1.6372-1.67820.35311340.2812634X-RAY DIFFRACTION100
1.6782-1.72360.30351230.26822496X-RAY DIFFRACTION100
1.7236-1.77430.36391640.27052551X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.83150.33871750.26462549X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.8970.27851430.26372531X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.97290.2791400.23612558X-RAY DIFFRACTION100
1.9729-2.06270.32081190.23462601X-RAY DIFFRACTION100
2.0627-2.17140.28061820.22842504X-RAY DIFFRACTION100
2.1714-2.30750.25681410.21522578X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.48560.27991150.2122579X-RAY DIFFRACTION100
2.4856-2.73560.26841200.22342615X-RAY DIFFRACTION100
2.7356-3.13120.25711310.22132585X-RAY DIFFRACTION100
3.1312-3.94410.24171050.21462591X-RAY DIFFRACTION100
3.9441-34.26850.25591360.21032615X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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