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- PDB-5w7i: X-ray structure of ankyrin repeat domain of DHHC17 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7i
タイトルX-ray structure of ankyrin repeat domain of DHHC17 in complex with Snap25b peptide
要素
  • Palmitoyltransferase ZDHHC17
  • Snap25b-111-120
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Palmitoyltransferases / Snap25 (SNAP25) / ankyrin repeat domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / protein-cysteine S-myristoyltransferase activity / protein-cysteine S-stearoyltransferase activity / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / protein S-acyltransferase / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane ...regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / protein-cysteine S-myristoyltransferase activity / protein-cysteine S-stearoyltransferase activity / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / protein S-acyltransferase / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / presynaptic dense core vesicle exocytosis / palmitoyltransferase activity / ribbon synapse / synaptic vesicle docking / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of programmed cell death / SNARE complex / SNAP receptor activity / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Golgi-associated vesicle membrane / neurotransmitter receptor internalization / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / synaptic vesicle priming / lipoprotein transport / regulation of neuron projection development / regulation of synapse assembly / endosomal transport / Other interleukin signaling / myosin binding / エキソサイトーシス / voltage-gated potassium channel activity / synaptic vesicle exocytosis / regulation of insulin secretion / 学習 / tertiary granule membrane / long-term memory / specific granule membrane / axonal growth cone / presynaptic active zone membrane / voltage-gated potassium channel complex / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / photoreceptor inner segment / 軸索誘導 / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / locomotory behavior / filopodium / cell projection / Regulation of insulin secretion / long-term synaptic potentiation / ゴルジ体 / positive regulation of insulin secretion / calcium-dependent protein binding / マイクロフィラメント / シナプス小胞 / lamellipodium / presynaptic membrane / 細胞皮質 / 成長円錐 / postsynapse / chemical synaptic transmission / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / 細胞骨格 / エンドソーム / neuron projection / protein domain specific binding / ゴルジ体 / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Palmitoyltransferase, DHHC domain / DHHC palmitoyltransferase / DHHC domain profile. / SNAP25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Ankyrin repeat-containing domain ...Palmitoyltransferase, DHHC domain / DHHC palmitoyltransferase / DHHC domain profile. / SNAP25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SNAP25 / Palmitoyltransferase ZDHHC17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Verardi, R. / Kim, J.-S. / Ghirlando, R. / Banerjee, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1ZIAHD008928 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Substrate Recognition by the Ankyrin Repeat Domain of Human DHHC17 Palmitoyltransferase.
著者: Verardi, R. / Kim, J.S. / Ghirlando, R. / Banerjee, A.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Substrate Recognition by the Ankyrin Repeat Domain of Human DHHC17 Palmitoyltransferase
著者: Verardi, R. / Kim, J.-S. / Ghirlando, R. / Banerjee, A.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoyltransferase ZDHHC17
B: Snap25b-111-120
C: Palmitoyltransferase ZDHHC17
D: Snap25b-111-120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3754
ポリマ－55,3754
非ポリマー00
水3,153175
1
A: Palmitoyltransferase ZDHHC17
B: Snap25b-111-120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6882
ポリマ－27,6882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
2
C: Palmitoyltransferase ZDHHC17
D: Snap25b-111-120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6882
ポリマ－27,6882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.187, 88.187, 127.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Palmitoyltransferase ZDHHC17 / Huntingtin yeast partner H / Huntingtin-interacting protein 14 / HIP-14 / Huntingtin-interacting ...Huntingtin yeast partner H / Huntingtin-interacting protein 14 / HIP-14 / Huntingtin-interacting protein 3 / HIP-3 / Huntingtin-interacting protein H / Putative MAPK-activating protein PM11 / Putative NF-kappa-B-activating protein 205 / Zinc finger DHHC domain-containing protein 17 / DHHC-17


分子量: 26703.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZDHHC17, HIP14, HIP3, HYPH, KIAA0946, HSPC294 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUH5, protein S-acyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Snap25b-111-120


分子量: 984.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60880*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 12.5% PEG-6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 29948 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 17.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EU9

3eu9


解像度: 2.105→19.92 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 23.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 1547 5.17 %
Rwork0.1759 --
obs0.1783 29948 91.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3703 0 0 175 3878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8175143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9732225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1048-2.17260.35221390.29582245X-RAY DIFFRACTION81
2.1726-2.25020.27371380.27112395X-RAY DIFFRACTION85
2.2502-2.34010.32821300.24742447X-RAY DIFFRACTION88
2.3401-2.44650.28071530.22392534X-RAY DIFFRACTION90
2.4465-2.57520.28051090.20952569X-RAY DIFFRACTION91
2.5752-2.73620.2371380.19192614X-RAY DIFFRACTION93
2.7362-2.94680.25521520.19292643X-RAY DIFFRACTION94
2.9468-3.24220.26451410.18612668X-RAY DIFFRACTION95
3.2422-3.70870.2071540.17062702X-RAY DIFFRACTION96
3.7087-4.66270.17111490.13522767X-RAY DIFFRACTION98
4.6627-19.92110.16251440.13182817X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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