+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w6y | ||||||
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Title | Physcomitrella patens Chorismate Mutase | ||||||
Components | Chorismate mutase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / isomerase / chorismate mutase | ||||||
Function / homology | Function and homology information chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Physcomitrella patens (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.995 Å | ||||||
Authors | Holland, C.K. / Kroll, K. / Jez, J.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochem. J. / Year: 2017 Title: Evolution of allosteric regulation in chorismate mutases from early plants. Authors: Kroll, K. / Holland, C.K. / Starks, C.M. / Jez, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w6y.cif.gz | 220.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w6y.ent.gz | 176.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w6y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ppuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35232.090 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Physcomitrella patens (plant) / Gene: PHYPADRAFT_181106 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A9S498, chorismate mutase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10 % w/v polyethylene glycol 4000, 20 % 2-Propanol (w/v), 100 mM HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→100 Å / Num. obs: 38350 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1878 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ppu Resolution: 1.995→37.419 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 17.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.995→37.419 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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