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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w5c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2AB complex | ||||||
要素 |
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キーワード | EXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / Prefusion primed complex / Neuronal Exocytosis / Synaptotagmin / SNARE complex / Complexin / synchronous neurotransmitter release | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding ...regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / calcium ion sensor activity / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / spontaneous neurotransmitter secretion / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of norepinephrine secretion / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of catecholamine secretion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / regulated exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / ribbon synapse / synaptic vesicle docking / regulation of establishment of protein localization / storage vacuole / response to gravity / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / eosinophil degranulation / 小胞融合 / neurotransmitter transmembrane transporter activity / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / chloride channel inhibitor activity / regulation of neurotransmitter secretion / secretion by cell / SNARE complex / Golgi to plasma membrane protein transport / SNAP receptor activity / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / Clathrin-mediated endocytosis / LGI-ADAM interactions / hormone secretion / calcium-ion regulated exocytosis / ミオフィラメント / positive regulation of intracellular protein transport / positive regulation of dendrite extension / regulation of exocytosis / positive regulation of hormone secretion / neurotransmitter secretion / neurotransmitter receptor internalization / calcium-dependent phospholipid binding / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / protein localization to membrane / 神経伝達物質輸送体 / regulation of synaptic vesicle recycling / insulin secretion / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / syntaxin binding / クラスリン / Neutrophil degranulation / synaptic vesicle priming / regulation of neuron projection development / regulation of synapse assembly / endosomal transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / myosin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / エキソサイトーシス / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Q. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: The primed SNARE-complexin-synaptotagmin complex for neuronal exocytosis. 著者: Zhou, Q. / Zhou, P. / Wang, A.L. / Wu, D. / Zhao, M. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w5c.cif.gz | 124.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w5c.ent.gz | 90.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4704.220 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-66 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp2, Syb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63045 |
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-タンパク質 , 3種, 3分子 BEF
#2: タンパク質 | 分子量: 7837.957 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 191-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a, Sap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32851 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9612.908 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cplx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63041 |
#6: タンパク質 | 分子量: 32376.311 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 140-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707 |
-Synaptosomal-associated protein ... , 2種, 2分子 CD
#3: タンパク質 | 分子量: 9030.114 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 7471.368 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881 |
-非ポリマー , 3種, 285分子
#7: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100 mM HEPES, pH7.4, 15-20% PEG3350, 200 mM ammonium formate PH範囲: 6.8-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97922 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→64.126 Å / Num. obs: 61236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 41.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 1087199 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KIL, 3F04, 1UOW 解像度: 1.85→64.126 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 188.65 Å2 / Biso mean: 76.1997 Å2 / Biso min: 26.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→64.126 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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