PDB-5w4x: Truncated hUGDH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w4x

タイトル

Truncated hUGDH

要素

UDP-glucose 6-dehydrogenase

UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / UDP-SUGAR BINDING /

UDP-GLUCURONIC ACID (ウリジン二リン酸グルクロン酸) /

ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) /

OXIDATION (酸化還元反応) /

CYTOSOL (細胞質基質)

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process /

UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ /

UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Sennett, N.C. / Custer, G.S. / Wood, Z.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: The entropic force generated by intrinsically disordered segments tunes protein function.
著者: Keul, N.D. / Oruganty, K. / Schaper Bergman, E.T. / Beattie, N.R. / McDonald, W.E. / Kadirvelraj, R. / Gross, M.L. / Phillips, R.S. / Harvey, S.C. / Wood, Z.A.

履歴

登録	2017年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2017年10月18日	ID: 4QEJ
改定 2.0	2017年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / entity ...diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.formula_weight ..._diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.3	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w4x.cif.gz	549.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w4x.ent.gz	462.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vr8C 2q3e 2qg4 3prj 3ptz 3tf5 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tjh-d 3itk-d 3khu-d 4rjt-1 6c4k-2 6c4j-2 2qg4-4 2qg4-5 2o3j-1 6c4j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

157 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
313 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.190, 114.066, 97.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ / UDPGDH 分子量: 51996.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGDH / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21T1R 参照: UniProt: O60701, UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム / トリグリム分子量: 178.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.2 詳細: 1.0 MM CAPILLARY,5 L OF 10.4 MG/ML ENZYME AND 200 L OF 100 MM MES PH 6.2, 100 MM MGCL2, AND 16% PEG 3350 PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月21日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 50632 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 66.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 21.98
反射シェル	解像度: 2.64→2.81 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / R_sym value: 0.97 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1156	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→35.83 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	1981	3.93 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.189	50399	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→35.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10818	0	33	36	10887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11043
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.754	14926
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.143	4127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7163	0.3272	141	0.3103	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7163-2.7897	0.3303	140	0.2863	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7897-2.8717	0.3312	137	0.272	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8717-2.9644	0.2847	145	0.2513	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9644-3.0703	0.2747	141	0.245	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0703-3.1931	0.3014	137	0.2304	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1931-3.3383	0.2807	148	0.2294	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3383-3.5142	0.2989	139	0.2221	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5142-3.7342	0.2396	141	0.1914	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7342-4.0221	0.2366	143	0.1717	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0221-4.4262	0.1979	138	0.1538	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4262-5.0652	0.1676	145	0.1396	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0652-6.3757	0.2106	142	0.1758	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3757-35.836	0.2117	144	0.1619	3534	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4291	1.3813	0.4564	3.7448	1.5906	3.2338	0.3598	-0.3351	-0.2902	0.9101	-0.3047	0.0867	0.1568	-1.115	-0.0394	1.8098	0.3089	0.0214	1.3272	0.1025	0.6343	-2.7722	-5.6145	55.1178
2	2.2982	2.1667	3.144	2.0949	2.8818	4.322	-0.614	-0.7081	-0.4462	1.2287	0.6199	0.4453	-0.7206	-0.6263	0.0425	1.4123	0.4579	0.0322	0.9903	0.0866	0.5628	-2.2972	5.6304	39.0749
3	2.8995	-0.3211	0.5183	4.8608	2.4948	3.7271	-0.0433	-0.4069	-0.0672	0.838	-0.1109	-0.323	-0.4684	0.0238	0.18	1.3743	0.2711	-0.161	0.878	0.0121	0.5775	10.5648	-0.0329	45.8777
4	1.9755	0.8984	-0.2041	2.5534	-0.3089	1.9189	-0.361	-0.2949	-0.0781	0.4037	0.1799	0.0245	0.4298	-0.2312	0.1585	0.7429	0.1837	0.1154	0.5384	0.0746	0.4521	-1.527	-17.5512	22.1243
5	4.6037	-0.8183	1.8933	2.7469	0.2311	5.1077	-0.0776	-0.9404	0.0095	0.4875	0.1713	0.3905	0.1627	-1.3791	-0.0586	1.2497	-0.0233	0.3242	1.0951	0.1484	0.6595	-19.9595	-25.0449	25.7561
6	4.4124	2.1231	0.8948	4.0074	-1.1009	2.7151	0.1065	-0.2474	-0.853	0.3095	-0.0171	-0.3149	1.5249	-0.1848	-0.0327	1.5498	-0.0737	0.3912	0.7239	0.1866	0.9365	-8.9435	-38.268	20.391
7	1.9716	1.242	-0.978	4.4008	-0.2284	2.1316	0.0471	0.0364	0.5925	0.0493	0.0566	0.8492	-0.6368	-0.646	-0.1046	0.7033	0.2358	-0.204	0.8062	0.1186	0.9428	-29.0792	37.8251	-7.4446
8	1.4055	-0.6335	-0.3236	2.7019	-0.3788	3.7571	-0.3749	-0.4096	0.1442	0.8356	0.4024	0.3479	-0.4581	-0.3349	-0.0147	0.6341	0.2051	-0.0269	0.5124	0.0015	0.5872	-8.7324	26.6113	16.7693
9	2.0056	-0.998	0.9419	2.3948	0.4711	2.5456	-0.1797	0.5332	-0.5297	0.0436	0.096	0.7953	0.5638	-1.026	0.2396	1.227	-0.5233	0.3012	1.1745	-0.0984	1.2437	-39.3995	-37.0486	-11.1455
10	1.1137	0.1224	-0.1071	1.8177	0.31	1.5969	-0.2531	-0.0876	-0.4409	0.202	-0.0409	0.3298	1.0674	-0.6239	0.1279	1.2781	-0.3574	0.26	0.7047	-0.019	0.9092	-23.344	-34.246	-2.0614
11	1.0887	1.1137	-0.3095	2.1075	0.773	1.1672	-0.3569	0.3047	-0.328	-0.3576	0.1074	0.6545	0.7131	-0.4039	0.1889	1.018	-0.4045	0.0889	0.7301	-0.1128	0.7467	-20.2537	-24.1149	-22.1433
12	2.231	-0.9013	-0.1395	3.283	0.2498	1.5265	-0.1778	0.2371	0.0688	-0.5092	0.0116	1.0314	0.1103	-0.6989	0.1295	0.5298	-0.2162	-0.1921	0.7656	-0.0324	0.8441	-30.7228	0.0657	-14.8576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 212 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 213 through 372 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 373 through 417 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 418 through 466 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 205 through 466 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 87 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 88 through 167 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 168 through 276 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 277 through 466 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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