+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vzx | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of crenezumab Fab | |||||||||
Components | (Crenezumab Fab ...) x 2 | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.501 Å | |||||||||
Authors | Ultsch, M. / Wang, W. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Structure of Crenezumab Complex with Abeta Shows Loss of beta-Hairpin. Authors: Ultsch, M. / Li, B. / Maurer, T. / Mathieu, M. / Adolfsson, O. / Muhs, A. / Pfeifer, A. / Pihlgren, M. / Bainbridge, T.W. / Reichelt, M. / Ernst, J.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G. / Atwal, J.K. ...Authors: Ultsch, M. / Li, B. / Maurer, T. / Mathieu, M. / Adolfsson, O. / Muhs, A. / Pfeifer, A. / Pihlgren, M. / Bainbridge, T.W. / Reichelt, M. / Ernst, J.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G. / Atwal, J.K. / Watts, R.J. / Wang, W. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vzx.cif.gz | 302.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5vzx.ent.gz | 257.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vzx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzx | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HELI
#1: Antibody | Mass: 22997.586 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0DOX5 #2: Antibody | Mass: 24064.754 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q0KKI6 |
---|
-Non-polymers , 4 types, 149 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.16 Å3/Da / Density % sol: 70.45 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→37.965 Å / Num. obs: 52355 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 2.8 % / Net I/σ(I): 19.8 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2.501→37.965 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.92
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.501→37.965 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|