PDB-5vzr: Crystal Structure of MERS-CoV neutralizing antibody G4 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vzr

タイトル

Crystal Structure of MERS-CoV neutralizing antibody G4 Fab

要素

G4 antibody heavy chain
G4 antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

antibody (抗体) /

neutralizing (中和抗体)

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Wang, N. / Wrapp, D. / McLellan, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Immunogenicity and structures of a rationally designed prefusion MERS-CoV spike antigen.
著者: Jesper Pallesen / Nianshuang Wang / Kizzmekia S Corbett / Daniel Wrapp / Robert N Kirchdoerfer / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Michelle M Becker / Lingshu Wang / Wei Shi / Wing- ...
要旨: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. ...

履歴

登録	2017年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vzr.cif.gz	359.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vzr.ent.gz	294.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8783C 8784C 8785C 8786C 8787C 8788C 8789C 8790C 8791C 8792C 8793C 5vyhC 5w9hC 5w9iC 5w9jC 5w9kC 5w9lC 5w9mC 5w9nC 5w9oC 5w9pC 2jelS 3qq9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wrp-d 1mcp-d 3g6j-4 3hr5-1 5dlm-1 4mhj-7 4lkc-d 2o5y-d 6vl8-1 1jnl-d 5tdo-2 2ajv-d 6med-1 6qcu-d 4xbg-1 5d6c-1 6mqe-1 5nb5-1 2v7n-1 1gpo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: G4 antibody heavy chain

L: G4 antibody light chain

A: G4 antibody heavy chain

B: G4 antibody light chain

ヘテロ分子

98.4 kDa, 4 ポリマー
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1

H: G4 antibody heavy chain

L: G4 antibody light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.2 kDa, 2 ポリマー
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2

A: G4 antibody heavy chain

B: G4 antibody light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.678, 88.759, 128.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	G4 antibody heavy chain 分子量: 25295.322 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	G4 antibody light chain 分子量: 23867.367 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride and 10% (w/w) PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→88.76 Å / Num. obs: 128851 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.7 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 786682 / Scaling rejects: 1746

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.57-1.6	6.3	1.641	40011	6339	0.601	1.7	99.8
8.6-88.76	6.2	0.064	5660	915	0.951	19.3	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Aimless	0.5.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBIDs 2JEL and 3QQ9

2jel

3qq9

解像度: 1.57→73.025 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2151	6415	4.99 %
R_work	0.1823	122183	-
obs	0.1839	128598	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.14 Å² / B_iso mean: 27.4222 Å² / B_iso min: 9.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.57→73.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6560	0	6	953	7519
B_iso mean	-	-	35.02	38.34	-
残基数	-	-	-	-	852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	9193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.425	4042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.57-1.5878	0.3503	199	0.2999	4051	4250	100
1.5878-1.6065	0.3326	210	0.2892	3990	4200	100
1.6065-1.6261	0.2883	221	0.2833	4044	4265	99
1.6261-1.6467	0.3257	220	0.2731	4054	4274	100
1.6467-1.6684	0.3042	211	0.2552	4005	4216	100
1.6684-1.6912	0.2862	208	0.2466	4030	4238	100
1.6912-1.7154	0.2534	227	0.2453	4005	4232	99
1.7154-1.741	0.2696	195	0.2247	4060	4255	99
1.741-1.7682	0.2656	201	0.2311	3988	4189	99
1.7682-1.7972	0.2803	224	0.2237	4035	4259	100
1.7972-1.8282	0.2694	203	0.2043	4050	4253	100
1.8282-1.8614	0.2214	203	0.1969	4037	4240	100
1.8614-1.8972	0.2215	209	0.197	4075	4284	100
1.8972-1.936	0.2256	219	0.1836	4034	4253	100
1.936-1.9781	0.204	225	0.1851	4060	4285	100
1.9781-2.0241	0.2249	222	0.1856	4033	4255	100
2.0241-2.0747	0.2153	226	0.1771	4031	4257	100
2.0747-2.1308	0.2088	204	0.1759	4063	4267	100
2.1308-2.1935	0.2044	208	0.1768	4082	4290	100
2.1935-2.2643	0.219	209	0.1783	4099	4308	100
2.2643-2.3452	0.1925	200	0.1798	4053	4253	100
2.3452-2.4391	0.2371	227	0.1827	4078	4305	100
2.4391-2.5502	0.2063	206	0.1884	4096	4302	100
2.5502-2.6846	0.2048	219	0.1843	4092	4311	100
2.6846-2.8528	0.2374	246	0.18	4051	4297	100
2.8528-3.0731	0.1926	214	0.1726	4134	4348	100
3.0731-3.3823	0.191	193	0.1664	4162	4355	100
3.3823-3.8718	0.2022	204	0.1526	4163	4367	100
3.8718-4.8779	0.1763	228	0.1391	4188	4416	100
4.8779-73.1044	0.191	234	0.181	4340	4574	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5179	-0.3755	-0.9141	1.8619	0.3188	2.2897	0.0733	0.1329	0.3006	0.1304	-0.0598	-0.0007	-0.1206	-0.2593	-0.003	0.1227	0.0157	0.0083	0.1175	-0.0129	0.1424	35.8048	57.7986	37.8992
2	1.697	0.1937	-0.3683	2.411	0.2429	2.2917	-0.133	0.0508	-0.1558	0.0649	0.0382	-0.0004	0.1404	-0.1167	0.0994	0.1157	0.0164	0.0329	0.0824	-0.0221	0.1427	39.8849	47.2102	33.2547
3	3.8076	0.9981	-0.499	5.7918	-0.0557	4.498	-0.4073	0.6342	0.0122	-0.4745	0.1908	-0.2617	-0.315	0.124	0.0232	0.1982	-0.0426	-0.0024	0.2018	0.0133	0.116	40.3081	50.0961	23.848
4	2.3679	-0.0981	-0.0483	3.3015	1.185	2.9775	0.0053	0.2512	0.0164	-0.4282	-0.1616	0.3	-0.0961	-0.524	0.1156	0.1984	0.0373	-0.021	0.2837	-0.0225	0.1319	34.241	53.27	25.3317
5	3.088	-0.3316	-0.4779	2.5059	0.3918	2.1436	-0.0236	0.6036	0.1738	-0.0971	-0.0615	0.3498	-0.0576	-0.7413	0.1249	0.141	0.0174	-0.0053	0.3106	-0.0381	0.1668	29.4398	56.1206	32.4077
6	1.5516	-0.928	-1.0357	3.7755	2.2778	3.8767	-0.1118	0.079	-0.145	0.1269	0.1691	-0.3199	0.3086	0.2277	0.0543	0.147	0.0035	0.0454	0.1194	-0.0201	0.1798	43.5498	42.3215	30.5859
7	0.7851	-0.3314	-0.4819	0.8816	0.6178	1.8504	-0.0245	0.0334	-0.0521	0.0591	-0.0347	-0.0468	0.111	-0.2624	-0.0128	0.1114	-0.0053	-0.0025	0.1296	0.0098	0.1399	30.4516	53.2136	52.3192
8	1.6677	-0.2762	0.8586	2.2148	-0.7724	4.1861	0.0541	0.0482	-0.1978	0.0075	0.086	-0.0654	0.2176	-0.0018	-0.1496	0.093	0.0234	-0.0083	0.1092	-0.0154	0.1248	30.522	50.4605	62.2967
9	1.7489	-0.4275	1.6677	2.3909	-1.7924	6.4122	0.0425	-0.0074	-0.0469	0.2003	0.0495	-0.0228	-0.1446	0.0458	-0.0496	0.1099	0.0083	0.0071	0.0908	-0.0084	0.1036	33.103	57.735	69.0127
10	1.2931	0.4271	0.2393	2.5131	-1.2878	5.6099	0.0606	-0.0188	-0.1286	0.2935	0.076	0.1024	0.6214	-0.0845	-0.072	0.3115	-0.0129	0.0383	0.1052	-0.0204	0.1822	33.7534	25.9162	40.0007
11	2.807	1.6591	-2.7243	2.0213	-0.3371	4.3083	-0.3084	0.3474	-0.1775	-0.248	0.1215	0.112	0.4968	0.0055	0.034	0.2706	0.0044	0.0492	0.1486	-0.0277	0.1664	39.6755	28.1157	21.6016
12	2.994	0.7133	0.0098	5.0102	0.9327	5.706	0.1503	-0.0799	-0.0056	0.3667	-0.0315	-0.2206	0.1599	0.3266	-0.1786	0.186	-0.0075	0.0022	0.1537	-0.0015	0.1314	41.9494	35.1256	39.5582
13	0.4367	-0.095	-0.7714	1.2237	0.9488	2.0313	-0.0247	-0.0264	-0.0712	0.2287	0.0831	-0.0021	0.2799	0.2273	-0.0809	0.2144	-0.0052	0.0241	0.1294	-0.0176	0.1629	38.571	30.322	36.8286
14	0.0906	-0.0528	-0.6773	0.0314	0.3834	5.005	0.017	0.0104	-0.1144	0.1924	0.0837	-0.0536	0.8479	-0.0583	-0.0517	0.4743	-0.0312	0.0529	0.1643	0.0171	0.215	33.4898	27.8709	57.1752
15	2.4448	-2.057	-1.3765	4.9559	0.9986	3.4721	0.0847	0.2019	0.0806	0.1707	0.1622	0.1457	0.1079	-0.6876	0.0204	0.1196	0.0014	0.0572	0.2168	0.0531	0.1768	23.3011	44.9082	67.8296
16	3.4699	-2.2132	-2.0125	2.2533	1.1105	2.8508	-0.1845	0.4106	-0.3459	0.0778	-0.0049	0.4104	0.5976	-1.1064	0.0876	0.1385	-0.0849	0.0222	0.4726	0.0084	0.2342	17.9882	41.4978	65.8816
17	3.4621	-2.7189	-1.0308	5.5958	1.639	1.9587	-0.3644	-0.2925	-0.3102	0.7761	0.2481	0.2223	0.8398	-0.5333	0.1158	0.4313	-0.0494	0.1351	0.3292	0.0829	0.3282	18.9981	36.9329	75.2518
18	1.6014	-0.8732	-0.5407	1.8179	0.8363	1.4982	-0.0272	-0.004	0.0413	-0.2625	0.0836	-0.1862	-0.0744	0.1298	-0.0334	0.1409	-0.0206	0.0431	0.1154	-0.0089	0.1605	77.4578	54.4825	31.7824
19	1.6305	-0.571	1.2237	1.663	-0.9815	4.0962	0.0163	-0.0615	-0.1235	0.0837	0.0062	-0.0095	0.0436	0.1312	-0.0223	0.082	0.0149	0.0082	0.1041	0.0079	0.0994	71.1297	56.4614	64.4218
20	2.5969	-1.0152	2.4336	2.5403	-2.271	7.8596	-0.098	-0.0893	-0.1334	0.4311	0.0753	0.157	0.7602	0.1541	-0.1068	0.3631	0.0879	0.0924	0.1484	0.0325	0.252	74.7274	29.2457	40.0962
21	3.9084	0.7583	-4.1434	2.2647	0.9581	5.8681	-0.2928	0.0729	-0.2092	-0.0589	0.1924	0.24	0.3342	0.1395	0.21	0.2266	0.0315	0.0591	0.1188	0.0166	0.1825	80.1086	31.6243	21.605
22	2.8179	-0.2601	1.8672	5.7065	1.2832	6.193	-0.133	-0.2007	-0.0537	0.3805	0.2096	-0.0292	0.3531	0.575	-0.315	0.1372	0.0576	0.0416	0.2262	0.0226	0.1531	82.3865	39.1436	39.9121
23	0.7081	0.0215	0.7102	0.1427	0.7329	4.5781	-0.105	-0.0394	-0.2195	0.256	0.3112	-0.0598	0.5754	0.6388	-0.0455	0.314	0.1129	0.0569	0.2152	-0.0061	0.2382	81.1296	27.7398	34.8224
24	0.7776	-0.4947	0.0144	0.991	-0.114	3.0333	-0.2027	-0.1722	-0.1211	0.3638	0.1857	-0.0524	0.4625	0.5536	-0.0674	0.3204	0.1313	0.0284	0.2386	0.0136	0.1812	80.7686	34.7285	44.3487
25	1.9955	-0.3886	-1.8184	1.5692	0.8354	3.2162	0.0463	-0.05	0.0946	-0.1335	-0.023	0.2278	-0.0422	0.0932	-0.0709	0.1717	0.0193	0.0288	0.1246	0.0277	0.1925	74.5031	40.1544	27.1733
26	0.1585	-0.0587	-0.7637	0.0191	0.2662	3.6422	-0.1129	-0.0694	-0.0986	0.1743	0.1218	-0.0722	0.6742	0.2393	-0.005	0.405	0.1194	0.0604	0.1814	0.0387	0.2239	74.8648	31.3075	57.2581
27	2.7126	-2.1107	-1.4714	5.1215	1.3588	3.5169	0.1082	0.1005	0.0532	-0.0005	-0.0524	0.0329	0.1183	-0.1212	0.0278	0.0787	0.0101	0.0201	0.1142	0.0256	0.1621	64.2228	47.5324	67.9204
28	8.7088	-2.2052	-4.7176	2.5153	1.0893	6.1815	-0.261	0.3144	-0.8434	-0.1205	-0.0657	0.6501	0.505	-0.487	0.3104	0.2241	-0.0464	0.0289	0.2037	-0.0147	0.3158	52.9211	41.3083	69.8412
29	4.318	-2.7002	-2.2369	3.0468	0.9095	3.054	0.0694	0.2387	-0.1033	-0.1088	-0.0948	0.1459	0.2615	-0.2641	-0.016	0.1285	-0.0199	-0.0083	0.1164	-0.0039	0.1733	60.6569	45.5155	65.7668
30	3.9293	-2.3377	-0.8715	4.0459	-0.1432	1.1606	-0.3793	-0.2905	-0.3518	0.4861	0.1825	0.1644	0.6542	-0.0294	0.0751	0.2551	0.0187	0.0775	0.154	0.0642	0.2436	61.0998	39.0164	74.9796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 25 )	H	2 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 26 through 45 )	H	26 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 46 through 56 )	H	46 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 57 through 75 )	H	57 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 76 through 87 )	H	76 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 88 through 100D)	H	88 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 100E through 134 )	H	100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 135 through 197 )	H	135 - 197
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 198 through 225 )	H	198 - 225
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 1 through 25 )	L	1 - 25
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 26 through 32 )	L	26 - 32
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 33 through 61 )	L	33 - 61
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 62 through 101 )	L	62 - 101
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 102 through 113 )	L	102 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 114 through 143 )	L	114 - 143
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 144 through 198 )	L	144 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 199 through 213 )	L	199 - 213
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 2 through 111 )	A	2 - 111
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 112 through 223 )	A	112 - 223
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 1 through 25 )	B	1 - 25
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 26 through 32 )	B	26 - 32
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 33 through 61 )	B	33 - 61
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 62 through 75 )	B	62 - 75
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 76 through 90 )	B	76 - 90
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 91 through 101 )	B	91 - 101
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 102 through 113 )	B	102 - 113
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 114 through 144 )	B	114 - 144
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 145 through 155 )	B	145 - 155
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 156 through 197 )	B	156 - 197
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 198 through 213 )	B	198 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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