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Yorodumi- PDB-5vxl: 2.80 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vxl | ||||||
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Title | 2.80 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JPS-G3 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / tip protein / VHH / T3SS | ||||||
Function / homology | Function and homology information effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: 2.80 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JPS-G3 Authors: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vxl.cif.gz | 226.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vxl.ent.gz | 184 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vxl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2j0oS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31904.623 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C322S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Gene: ipaD, CP0126 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P18013 |
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#2: Antibody | Mass: 15677.406 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2016 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→47.82 Å / Num. obs: 10958 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 42.76 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 71018 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2J0O Resolution: 2.8→47.82 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / Phase error: 28.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 160.16 Å2 / Biso mean: 51.0579 Å2 / Biso min: 4.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→47.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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