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万見
- PDB-5vx1: Bak L100A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vx1
タイトルBak L100A
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / Bcl-2 Family (Bcl-2ファミリー) / Mutant (ミュータント (人類))
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / mitochondrial fusion / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of proteolysis / vagina development / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / Pyroptosis / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.224 Å
データ登録者Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1058331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Conversion of Bim-BH3 from Activator to Inhibitor of Bak through Structure-Based Design.
著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / ...著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Call, M.J. / Smith, B.J. / Dewson, G. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9902
ポリマ－37,9902
非ポリマー00
水8,683482
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.497, 39.488, 108.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 18995.240 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-186 / 変異: L100A, C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1M sodium malonate-malonic acid pH 7.0 and 10 % DL-malate-MES-tris pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.224→36.027 Å / Num. obs: 98200 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04585 / Net I/σ(I): 14.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.224→36.027 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 2008 2.05 %
Rwork0.1678 --
obs0.1684 97795 94.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.224→36.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2598 0 0 482 3080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.334098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.6351095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2241-1.25470.27541460.26486514X-RAY DIFFRACTION91
1.2547-1.28860.27291280.25596633X-RAY DIFFRACTION93
1.2886-1.32650.20951480.23386733X-RAY DIFFRACTION93
1.3265-1.36940.23951440.2236749X-RAY DIFFRACTION94
1.3694-1.41830.22051460.21056730X-RAY DIFFRACTION94
1.4183-1.47510.21641500.19576790X-RAY DIFFRACTION94
1.4751-1.54220.2091390.17826841X-RAY DIFFRACTION95
1.5422-1.62350.17941350.17256861X-RAY DIFFRACTION95
1.6235-1.72520.20861410.16976959X-RAY DIFFRACTION96
1.7252-1.85840.18171450.17416937X-RAY DIFFRACTION96
1.8584-2.04550.20721420.16817008X-RAY DIFFRACTION96
2.0455-2.34140.17931470.15616989X-RAY DIFFRACTION96
2.3414-2.94970.19471500.15457077X-RAY DIFFRACTION97
2.9497-36.04260.17081470.14616966X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.28971.70050.38795.6798-0.0084.88550.03740.36560.1133-0.1332-0.03910.2137-0.1293-0.13330.0380.13490.0281-0.00570.14770.00190.0271-1.60968.4254-18.6249
23.8510.01410.53994.8262-2.44653.2159-0.41670.6948-1.4121-1.00980.7356-0.50770.6957-0.1813-0.35410.49310.04690.10420.5076-0.06540.512-16.58050.5446-16.9147
37.3812-0.1909-3.16691.1509-0.99586.51730.03870.55390.1005-0.04590.05850.22560.0198-0.5129-0.11270.1738-0.0207-0.02020.2609-0.00170.0889-3.1986.7502-23.241
43.4055-2.1494-0.58077.22991.07341.37310.0474-0.0191-0.2382-0.22030.00990.15940.02220.0187-0.01950.0987-0.0073-0.02370.1070.01630.0833-7.0828-0.9453-4.6332
53.3473-1.2306-0.29821.3220.10721.88670.00080.0709-0.04960.00070.00120.05990.0051-0.1143-0.01130.0979-0.0170.0030.06730.00930.0584-2.11575.3573-5.3569
65.356-1.1571-0.81221.64420.34842.68550.06080.19670.1214-0.0668-0.0464-0.0621-0.0423-0.00210.00090.1043-0.0188-0.00160.0820.01780.07314.749910.0638-11.722
75.1591-2.54360.50146.3937-0.31444.4813-0.1001-0.30630.22950.207-0.01810.37380.0896-0.17220.10490.1276-0.03650.04640.1478-0.0050.143215.85167.3034-36.7732
87.38231.38116.91040.28381.0168.72150.1502-0.53030.03950.09940.02030.04510.4248-0.1854-0.14680.19410.02250.0480.28830.01880.11526.29114.8335-35.278
96.9698-3.31211.72639.3244-6.0188.1644-0.2269-0.29780.77250.8425-0.18140.0442-0.59970.21420.40810.1919-0.0168-0.00780.2789-0.06140.258918.580812.9617-31.7477
103.82532.10211.72857.75191.92433.3187-0.0310.00980.26150.10680.02070.2404-0.07090.01130.06390.08960.00640.03230.08750.02190.093514.091815.402-51.5471
113.4320.8680.32830.72570.13511.1802-0.0084-0.05740.006-0.02110.00280.07630.0303-0.09060.00510.10390.01130.00120.06740.00750.093418.15377.0917-48.5795
122.66120.8289-0.42493.81852.71892.3727-0.0769-0.61980.09910.1549-0.05940.0991-0.25670.04610.09820.12150.0271-0.00670.2274-0.01740.098731.2128.1772-36.8418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 57 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 146 through 183 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 50 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 51 through 69 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 70 through 83 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 84 through 106 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 107 through 164 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 165 through 182 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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