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万見
- PDB-5vsi: CH1/Ckappa Fab mutant 15.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vsi
タイトルCH1/Ckappa Fab mutant 15.1
要素
  • CH1/Ckappa Fab heavy chain
  • CH1/Ckappa Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / bispecific antibody (二重特異性モノクローナル抗体) / computational design / heavy chain/light chain interface / CH1/Ckappa interface
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / 免疫応答 / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGH@ protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Hendle, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Computational design of a specific heavy chain/ kappa light chain interface for expressing fully IgG bispecific antibodies.
著者: Froning, K.J. / Leaver-Fay, A. / Wu, X. / Phan, S. / Gao, L. / Huang, F. / Pustilnik, A. / Bacica, M. / Houlihan, K. / Chai, Q. / Fitchett, J.R. / Hendle, J. / Kuhlman, B. / Demarest, S.J.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CH1/Ckappa Fab heavy chain
L: CH1/Ckappa Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,84111
ポリマ－47,1122
非ポリマー7299
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Fab heterodimer of heavy and light chain
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.279, 60.610, 86.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-301-

SO4

21H-302-

SO4

31H-519-

HOH

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要素

#1: 抗体 CH1/Ckappa Fab heavy chain


分子量: 23780.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6GMX6
#2: 抗体 CH1/Ckappa Fab light chain


分子量: 23331.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q7Z3Y4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: see publication

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→19.9 Å / Num. obs: 73293 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.51→1.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10568 / % possible all: 96.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VR9

5vr9


解像度: 1.51→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.791 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 3636 5 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1953 69649 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.33 Å2 / Biso mean: 20.19 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å2-0.68 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 41 407 3730
Biso mean--48.61 29.21 -
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9494918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3025488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19524.643140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45115556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7841511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212708
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 279 -
Rwork0.317 5023 -
all-5302 -
obs--96.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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