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万見
- PDB-5vqp: Crystal structure of human pro-TGF-beta1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vqp
タイトルCrystal structure of human pro-TGF-beta1
要素Transforming growth factor beta-1TGF-β
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / latency / furin cleavage / prodomain/growth-factor swapping / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / Influenza Virus Induced Apoptosis / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of enamel mineralization ...adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / Influenza Virus Induced Apoptosis / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of enamel mineralization / regulatory T cell differentiation / regulation of cartilage development / regulation of blood vessel remodeling / regulation of striated muscle tissue development / tolerance induction to self antigen / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / extracellular matrix assembly / embryonic liver development / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / Langerhans cell differentiation / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of exit from mitosis / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of primary miRNA processing / mammary gland branching involved in thelarche / membrane protein intracellular domain proteolysis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / heart valve morphogenesis / response to laminar fluid shear stress / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of vasculature development / hyaluronan catabolic process / bronchiole development / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP biosynthetic process / receptor catabolic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / response to salt / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of chemotaxis / phospholipid homeostasis / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of mononuclear cell migration / cell-cell junction organization / response to vitamin D / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of regulatory T cell differentiation / response to cholesterol / deubiquitinase activator activity / digestive tract development / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of fibroblast migration / negative regulation of ossification / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / aortic valve morphogenesis / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of phagocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / 血管新生 / neural tube development / face morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / ureteric bud development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of neuroblast proliferation / macrophage derived foam cell differentiation / Syndecan interactions / muscle cell cellular homeostasis / negative regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of fat cell differentiation / lung alveolus development / positive regulation of interleukin-17 production
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #970 / Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal ...Jelly Rolls - #970 / Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao, B. / Xu, S. / Dong, X. / Lu, C. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01AR067288 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Prodomain-growth factor swapping in the structure of pro-TGF-beta 1.
著者: Zhao, B. / Xu, S. / Dong, X. / Lu, C. / Springer, T.A.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0762
ポリマ－41,4891
非ポリマー5871
水0
1
A: Transforming growth factor beta-1
ヘテロ分子

A: Transforming growth factor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1524
ポリマ－82,9792
非ポリマー1,1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area34410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.390, 104.390, 141.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-1 / TGF-β / TGF-beta-1


分子量: 41489.371 Da / 分子数: 1 / 変異: C4S,N107Q,N147Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 細胞株 (発現宿主): CHO-lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01137
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM MES pH6.3, 1.68 M Ammonium Sulfate, 11% Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 10672 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 12.32
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 6 / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 753 / CC1/2: 0.15 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rjr

3rjr


解像度: 2.9→29.477 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2929 534 5.01 %
Rwork0.252 --
obs0.2541 10668 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 0 39 0 2615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6413624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6831030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.19170.40351300.37592448X-RAY DIFFRACTION100
3.1917-3.65280.33511300.30752473X-RAY DIFFRACTION100
3.6528-4.59930.30671320.25032524X-RAY DIFFRACTION100
4.5993-29.47890.26531420.22752689X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1914-1.78283.2211.7092-0.33828.6021-0.32870.019-0.9086-0.17720.30520.26010.85660.36080.03270.6769-0.17440.06420.6734-0.0240.717689.838832.422419.332
24.10740.2698-0.96542.87051.67079.1168-0.0744-1.1221-0.10730.59760.0774-0.3290.37281.2816-0.05090.65530.0469-0.09871.2185-0.04230.575192.681640.862550.3001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:59 OR RESID 252:361 ) )A3 - 59
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:59 OR RESID 252:361 ) )A252 - 361
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 60:240 )A60 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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