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- PDB-5vqh: Crystal structure of the extended Tudor domain from BmPAPI in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vqh
タイトルCrystal structure of the extended Tudor domain from BmPAPI in complex with sDMA
要素Tudor and KH domain-containing protein homolog
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / BmPAPI / Tudor (テューダー) / sDMA
機能・相同性
機能・相同性情報


P granule organization / piRNA processing / P granule / 精子形成 / mitochondrial outer membrane / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Tudor domain / Tudor domain profile. / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Tudor domain / Tudor domain / Type-1 KH domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / SH3 type barrels. - #140 ...: / Tudor domain / Tudor domain profile. / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Tudor domain / Tudor domain / Type-1 KH domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N3, N4-DIMETHYLARGININE / Tudor and KH domain-containing protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Pan, X. / Ohtaki, A. / McNally, R. / Honda, S. / Kirino, Y. / Murali, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106047 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of the Tudor domain from the Bombyx homolog of Drosophila PAPI: Implication to piRNA biogenesis
著者: Hubbard, P.A. / Pan, X. / Ohtaki, A. / McNally, R. / Honda, S. / Kirino, Y. / Murali, R.
履歴
登録2017年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32021年3月10日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tudor and KH domain-containing protein homolog
B: Tudor and KH domain-containing protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3114
ポリマ－53,9062
非ポリマー4052
水2,756153
1
A: Tudor and KH domain-containing protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1552
ポリマ－26,9531
非ポリマー2021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tudor and KH domain-containing protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1552
ポリマ－26,9531
非ポリマー2021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.030, 66.030, 224.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tudor and KH domain-containing protein homolog / Partner of PIWIs protein / BmPAPI


分子量: 26953.027 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 245-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: PAPI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9JD76
#2: 化合物 ChemComp-2MR / N3, N4-DIMETHYLARGININE / SDMA


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 202.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.95 M ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, pH 5.5 and 5% glucose.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.61 Å / Num. obs: 18600 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6867 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VQG

5vqg


解像度: 2.4→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.461 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 878 4.7 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 17693 91.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3213 0 28 153 3394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.9324530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77436971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9495407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69723.212165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05215498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.021526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1084.3931637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1064.3921636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7736.5592035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7726.5612036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6114.8021693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6034.81693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8397.0412493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.17935.3963759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.17735.3893714
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 56 -
Rwork0.344 1347 -
obs--94.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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