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万見
- PDB-5vj7: Ferredoxin NADP Oxidoreductase (Xfn) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vj7
タイトルFerredoxin NADP Oxidoreductase (Xfn)
要素
  • Ferredoxin-NADP(+) reductase subunit alpha
  • Oxidoreductase酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Archaea (古細菌) / Hyperthermophile (超好熱菌) / Electron bifurcation / NfnII / Metabolism (代謝) / sulfur (硫黄)
機能・相同性
機能・相同性情報


フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / ferredoxin-NADP+ reductase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / iron-sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate synthase (NADPH), homotetrameric / Cytochrome-c3 hydrogenase, gamma subunit / Dihydroorotate dehydrogenase, electron transfer subunit, iron-sulphur cluster binding domain / Iron-sulfur cluster binding domain of dihydroorotate dehydrogenase B / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / Alpha-helical ferredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Glutamate synthase (NADPH), homotetrameric / Cytochrome-c3 hydrogenase, gamma subunit / Dihydroorotate dehydrogenase, electron transfer subunit, iron-sulphur cluster binding domain / Iron-sulfur cluster binding domain of dihydroorotate dehydrogenase B / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / Alpha-helical ferredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / Ferredoxin-NADP(+) reductase subunit alpha / 酸化還元酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zadvornyy, O.A. / Nguyen, D.M.N. / Schut, G.J. / Lipscomb, G.L. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Adams, M.W.W. / Peters, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012518 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Two functionally distinct NADP(+)-dependent ferredoxin oxidoreductases maintain the primary redox balance of Pyrococcus furiosus.
著者: Nguyen, D.M.N. / Schut, G.J. / Zadvornyy, O.A. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Poudel, S. / Lipscomb, G.L. / Adams, L.A. / Dinsmore, J.T. / Nixon, W.J. / Boyd, E.S. / Bothner, B. / Peters, J.W. / Adams, M.W.W.
履歴
登録2017年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Ferredoxin-NADP(+) reductase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8258
ポリマ－85,3502
非ポリマー2,4756
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.743, 73.140, 99.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Oxidoreductase / 酸化還元酵素


分子量: 52571.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: PFC_09035
発現宿主: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: I6V148
#2: タンパク質 Ferredoxin-NADP(+) reductase subunit alpha


分子量: 32778.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: PFC_09030
発現宿主: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: I6TYZ3, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ

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非ポリマー , 5種, 191分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.22 Magnesium Sulfate, 27% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.4% v/v Ethyl acetate 1 mM Sodium dithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→39 Å / Num. obs: 25850 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 46.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3147 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.306 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
HKL-2000データ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JFC

5jfc


解像度: 2.55→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU R Cruickshank DPI: 1.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.063 / SU Rfree Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.314
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1226 4.74 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.186 25850 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.2376 Å20 Å2-10.2418 Å2
2--6.9072 Å20 Å2
3----29.1449 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5903 0 127 186 6216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016225HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.198503HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2196SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes958HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6225HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion794SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7223SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3266 151 5.18 %
Rwork0.2032 2764 -
all0.2098 2915 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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