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Yorodumi- PDB-5va8: Crystal Structure of Short-chain dehydrogenase/reductase SDR from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5va8 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Short-chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum in complex with NADP | ||||||
Components | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / NADP / SDR | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Paraburkholderia phymatum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Short-chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum in complex with NADP Authors: Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5va8.cif.gz | 420.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5va8.ent.gz | 345.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5va8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/5va8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/5va8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5idxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27776.555 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (bacteria) Strain: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / Gene: Bphy_2062 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B2JE32 #2: Chemical | ChemComp-NAP / #3: Chemical | ChemComp-TCE / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Morpheus G5: 10% Peg 20K, 20% Peg MME, 0.2M carboxylic (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium l-tartrate, 0.2 M sodium oxamate), 0.1 M MOPS/Hepes, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→44.35 Å / Num. obs: 145542 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.15 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 19.54 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Redundancy: 6.17 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 10685 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IDX Resolution: 1.6→44.348 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→44.348 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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