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- PDB-5v7b: Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v7b
タイトルCrystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E)
要素Matrix protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza A (A型インフルエンザウイルス) / Matrix protein (基質タンパク質) / NLS-88E mutant / pH 7.0
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) ...Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Musayev, F.N. / Safo, M.K. / Desai, U.R. / Xie, H. / Mosier, P.D. / Chiang, M.-J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA16059 米国
Center for Biologics Evaluation and Research (CBER)/FDA 米国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2017
タイトル: Maintaining pH-dependent conformational flexibility of M1 is critical for efficient influenza A virus replication.
著者: Chiang, M.J. / Musayev, F.N. / Kosikova, M. / Lin, Z. / Gao, Y. / Mosier, P.D. / Althufairi, B. / Ye, Z. / Zhou, Q. / Desai, U.R. / Xie, H. / Safo, M.K.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 1
B: Matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1402
ポリマ－38,1402
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.190, 96.170, 48.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein 1 / M1


分子量: 19069.975 Da / 分子数: 2 / 変異: G88E, R101S, R105S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Wilson-Smith/1933 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21 (DE3) / 参照: UniProt: P05777
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 16.7 mg/ml protein in 25mM Hepes/NaOH, 0.2M NaCl, 2mM TCEP, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月8日 / 詳細: Rigaku varimax confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→27.91 Å / Num. obs: 12404 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1227 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EA3

1ea3


解像度: 2.5→27.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1093448.38 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 616 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 12376 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 47.3599 Å2 / ksol: 0.311801 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å210.75 Å2
2---8.9 Å20 Å2
3---9.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→27.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 0 0 0
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 56 4.6 %
Rwork0.343 1172 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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