PDB-5v3x: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v3x

タイトル

Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with inhibitor TAM1

要素

Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR /

thioesterase domain (チオエステル加水分解酵素) / TAM1 complex / Pks13 /

Mycobacterium (マイコバクテリウム属) /

polyketide synthase (ポリケチド合成酵素) / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC /

alpha/beta hydrolase /

thioesterase (チオエステル加水分解酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly /

fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / biosynthetic process / hydrolase activity, acting on ester bonds /

phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの /

nucleotidyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.936 Å

データ登録者

Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13.
著者: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v3x.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v3x.ent.gz	182.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v3wSC 5v3yC 5v3zC 5v40C 5v41C 5v42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v9f-d 5v3y-1 5v41-2 5v3z-2 2xvx-d 5v40-1 5v40-2 5v3w-2 4ubr-4 5ib0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.207, 109.546, 57.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASP	ASP	THR	THR	chain A	A	A	1453 - 1727	6 - 280
2	GLN	GLN	ARG	ARG	chain B	B	B	1451 - 1726	4 - 279

#1: タンパク質	Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) 分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 断片: thioesterase domain (UNP residues 113-395) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pks, ERS027654_02263 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-I28 / ethyl 5-hydroxy-4-[(4-methylpiperidin-1-yl)methyl]-2-phenyl-1-benzofuran-3-carboxylate 分子量: 393.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.936→50 Å / Num. obs: 40346 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.955 / Net I/av σ(I): 21.756 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	CC_1/2	Χ²	% possible all	R_pim(I) all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
1.94-1.97	5.1	0.136	1.211	99
1.97-2.01	5.9	0.212	0.896	100
2.01-2.05	6.5	0.339	0.984	100	0.82
2.05-2.09	6.8	0.499	1.45	100	0.686
2.09-2.14	7.1	0.655	1.061	100	0.477
2.14-2.18	7.1	0.761	1.161	100	0.392	0.98
2.18-2.24	5.8	0.792	1.683	81.1
2.24-2.3	5.1	0.951	2.075	57.2	0.373	0.735	0.831
2.3-2.37	7.1	0.916	1.343	100	0.201	0.504	0.543
2.37-2.44	7.1	0.943	1.403	100	0.164	0.407	0.439
2.44-2.53	7.1	0.95	1.483	100	0.126	0.312	0.337
2.53-2.63	7.1	0.97	1.649	100	0.102	0.254	0.274
2.63-2.75	7	0.976	2.019	100	0.086	0.21	0.227
2.75-2.9	7	0.985	1.976	100	0.061	0.15	0.162
2.9-3.08	7	0.99	2.347	100	0.048	0.118	0.127
3.08-3.32	6.8	0.992	2.784	99.9	0.039	0.094	0.101
3.32-3.65	6.3	0.992	3.499	92.6	0.037	0.085	0.092
3.65-4.18	5.6	0.995	3.903	82.3	0.032	0.072	0.08
4.18-5.26	6.2	0.997	3.822	99.7	0.026	0.061	0.067
5.26-50	6	0.996	3.091	96.4	0.022	0.049	0.055

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5V3W

5v3w

解像度: 1.936→34.586 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.05

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2467	1992	5.01 %	Random selection
R_work	0.1979	-	-	-
obs	0.2004	39731	93.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.27 Å² / B_iso mean: 39.9467 Å² / B_iso min: 13.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.936→34.586 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4099	0	58	259	4416
B_iso mean	-	-	36.77	42.43	-
残基数	-	-	-	-	541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	5801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	771
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.252	1534

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2347	X-RAY DIFFRACTION	5.168	TORSIONAL
1	2	B	2347	X-RAY DIFFRACTION	5.168	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9359-1.9843	0.3247	123	0.3088	2575	2698	91
1.9843-2.038	0.2925	150	0.2465	2848	2998	100
2.038-2.0979	0.3	148	0.251	2808	2956	100
2.0979-2.1657	0.2607	146	0.2245	2855	3001	100
2.1657-2.243	0.3621	120	0.2681	2139	2259	76
2.243-2.3328	0.2896	88	0.2495	1892	1980	67
2.3328-2.439	0.2564	155	0.1967	2829	2984	100
2.439-2.5675	0.2435	147	0.1919	2860	3007	100
2.5675-2.7283	0.2574	133	0.2042	2886	3019	100
2.7283-2.9389	0.2725	156	0.2088	2873	3029	100
2.9389-3.2344	0.2724	146	0.2003	2890	3036	100
3.2344-3.702	0.2356	136	0.1811	2487	2623	86
3.702-4.6623	0.195	164	0.1619	2822	2986	97
4.6623-34.5918	0.2322	180	0.1884	2975	3155	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1876	-0.0504	0.6091	2.3459	-0.3209	4.1002	0.1103	-0.3295	-0.0787	0.2155	0.0013	0.0671	0.2637	-0.0772	-0.0624	0.1757	-0.0041	-0.003	0.17	-0.0009	0.1609	17.4591	30.8861	23.5227
2	7.5426	-1.3108	-0.3853	1.976	-1.4432	3.1869	-0.1359	-0.002	-0.5583	0.3053	-0.1895	0.5583	0.4626	-0.1599	0.1936	0.4436	-0.0339	0.0309	0.3662	-0.1154	0.4162	-8.109	21.3668	7.0261
3	3.7647	0.6986	0.08	9.1725	1.4928	3.1381	-0.0484	0.39	-0.7442	-0.1418	-0.0722	0.222	0.8588	0.1383	-0.1287	0.3279	0.0045	-0.0122	0.2665	-0.0324	0.4154	4.5348	21.2503	12.6912
4	5.0623	0.329	0.3155	3.0064	-0.5602	2.7546	0.0192	0.2556	0.3197	-0.0425	-0.0077	-0.0213	-0.163	0.0621	0.069	0.1757	0.0264	0.0044	0.1471	0.0386	0.1635	16.2518	39.3381	12.7713
5	3.7422	-0.1058	-1.8416	4.2796	-0.7952	5.9599	-0.0193	0.0442	0.643	0.046	0.1645	-0.581	-0.1641	0.4102	-0.0429	0.2045	-0.0036	-0.0397	0.1889	-0.0248	0.4163	27.857	71.0306	6.9901
6	3.4305	-0.0234	-1.3004	3.6428	0.3987	4.0137	-0.252	0.0665	0.0116	-0.3551	0.1507	-0.4957	0.2718	0.0711	0.021	0.2781	0.0167	0.032	0.1426	0.0213	0.3092	25.4575	59.1635	1.1605
7	4.6505	0.3635	0.1238	9.324	2.2456	3.6442	-0.2021	0.2226	0.0269	-0.5969	0.3641	0.7618	0.2556	-0.3731	-0.1598	0.3655	-0.1668	-0.0884	0.5107	0.1125	0.3442	5.4442	69.8183	-17.7649
8	7.6555	-6.3809	-1.2296	5.3234	1.3209	5.139	-0.0906	-0.2623	0.03	0.3989	0.343	0.3087	0.1341	0.1353	-0.0647	0.2764	-0.0631	-0.0435	0.2616	0.0742	0.3293	12.6757	71.6706	-7.7101
9	7.705	-1.4786	1.5839	4.1442	-1.1658	3.864	0.009	0.4441	-0.381	-0.4724	0.0505	0.0392	0.4272	-0.1508	-0.0376	0.3852	-0.0481	0.0156	0.1468	-0.0251	0.2245	16.2161	54.0972	0.3888
10	4.4104	1.2733	1.0029	5.2093	1.1716	6.4219	-0.1258	-0.4652	0.1542	0.5351	0.173	-0.2523	0.2664	0.0487	-0.0533	0.3363	0.0422	0.0033	0.1919	0.0138	0.1869	19.616	58.9707	15.4019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1453 through 1571 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1572 through 1626 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1627 through 1644 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1645 through 1727 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1451 through 1526 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1527 through 1571 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1572 through 1626 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1627 through 1644 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1645 through 1689 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1690 through 1726 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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