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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uz8 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC22-24 | |||||||||
![]() | Cadherin-23![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() cochlear hair cell ribbon synapse / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Patel, A. / Jaiganesh, A. / Sotomayor, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness. 著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5i8dSC ![]() 5tfkC ![]() 5tflC ![]() 5tfmC ![]() 5uluC ![]() 5un2C ![]() 5vh2C ![]() 5vt8C ![]() 5vvmC ![]() 5w4tC ![]() 5wj8C ![]() 5wjmC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 36533.301 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2288-2607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-GSH / | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.89 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 3.5 M Ammonium Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 45949 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 2224 / Χ2: 1.01 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5I8D 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.704 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.397 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→50 Å
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拘束条件 |
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