+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uy1 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of apo Halotag | ||||||
Components | Haloalkane dehalogenase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / haloalkane dehalogenase / fluorogenic / halo / tag | ||||||
Function / homology | Function and homology information haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodococcus rhodochrous (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Dunham, N.P. / Boal, A.K. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2017 Title: The Cation-pi Interaction Enables a Halo-Tag Fluorogenic Probe for Fast No-Wash Live Cell Imaging and Gel-Free Protein Quantification. Authors: Liu, Y. / Miao, K. / Dunham, N.P. / Liu, H. / Fares, M. / Boal, A.K. / Li, X. / Zhang, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uy1.cif.gz | 138.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uy1.ent.gz | 108 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uy1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uy1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34384.199 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus rhodochrous (bacteria) / Gene: dhaA / Plasmid: pET29b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.24 % / Mosaicity: 0.237 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 7.5 / Details: NaCl, Ammonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→50 Å / Num. obs: 144106 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 1023559 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.853 / SU ML: 0.035 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.053 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 45.86 Å2 / Biso mean: 14.426 Å2 / Biso min: 9.03 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.35→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.348→1.383 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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