+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5unq | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Pt0534 Inactivated by 2-Oxo-3-pentynoate | |||||||||
Components | (Putative tautomerase) x 2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / 4-Oxalocrotonate tautomerase / MIF / cisCaaD / dehalogenase | |||||||||
Function / homology | 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / : / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Putative tautomerase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pusillimonas sp. | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.976 Å | |||||||||
Authors | LeVieux, J. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: A global view of structure-function relationships in the tautomerase superfamily. Authors: Davidson, R. / Baas, B.J. / Akiva, E. / Holliday, G.L. / Polacco, B.J. / LeVieux, J.A. / Pullara, C.R. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P. / Babbitt, P.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5unq.cif.gz | 289.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5unq.ent.gz | 238.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5unq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6blmC 3n4gS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13116.015 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pusillimonas sp. (strain T7-7) (bacteria) Strain: T7-7 / Gene: PT7_0534 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: F4GMX9 #2: Protein | | Mass: 13228.099 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pusillimonas sp. (strain T7-7) (bacteria) Strain: T7-7 / Gene: PT7_0534 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: F4GMX9 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 24% PEG 4000 0.2 M ammonium acetate 0.1 M trisodium citrate pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 0.97648 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97648 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. obs: 47036 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 1.8 % / Net I/σ(I): 6.63 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3N4G Resolution: 1.976→40.83 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.976→40.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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