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- PDB-5um8: Crystal structure of HIV-1 envelope trimer 16055 NFL TD CC (T569G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5um8
タイトルCrystal structure of HIV-1 envelope trimer 16055 NFL TD CC (T569G) in complex with Fabs 35022 and PGT124
要素
  • (glycoprotein ...糖タンパク質) x 2
  • Fab 35022 heavy chain
  • Fab 35022 light chain
  • Fab PGT124 heavy chain
  • Fab PGT124 light chain
キーワードViral Protein/Immune System (ウイルス性) / HIV-1 antibody glycoprotein / Viral Protein-Immune System complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.935 Å
データ登録者Garces, F. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
International AIDS Vaccine InitativeOPP1084519 米国
International AIDS Vaccine InitativeOPP1115782 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: Glycine Substitution at Helix-to-Coil Transitions Facilitates the Structural Determination of a Stabilized Subtype C HIV Envelope Glycoprotein.
著者: Guenaga, J. / Garces, F. / de Val, N. / Stanfield, R.L. / Dubrovskaya, V. / Higgins, B. / Carrette, B. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Wyatt, R.T.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity_src_gen / struct / Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _struct.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: glycoprotein gp120
B: glycoprotein gp41
L: Fab PGT124 light chain
H: Fab PGT124 heavy chain
D: Fab 35022 heavy chain
E: Fab 35022 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,60328
ポリマ－168,6906
非ポリマー10,91322
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.456, 126.456, 314.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The asymmetric unit (6 chains) is 1/3 of a trimer- the trimer is the biological assembly.

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要素

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Glycoprotein ... , 2種, 2分子 GB

#1: タンパク質 glycoprotein gp120


分子量: 53984.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 16055 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): 293S freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1EAI1*PLUS
#2: タンパク質 glycoprotein gp41


分子量: 17086.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 16055 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): 293S freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1EAI1*PLUS

-
抗体 , 4種, 4分子 LHDE

#3: 抗体 Fab PGT124 light chain


分子量: 23056.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab PGT124 heavy chain


分子量: 25460.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fab 35022 heavy chain


分子量: 25783.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 Fab 35022 light chain


分子量: 23318.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 7種, 22分子

#7: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.03
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 10% glycerol, 22% PEG 300, 0.1M phosphate-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.935→49.25 Å / Num. obs: 25153 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 119 Å2 / CC1/2: 0.923 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.217 / Rsym value: 0.194 / Χ2: 1.06 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.935→4.02 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1224 / Num. unique obs: 1224 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.75 / Rrim(I) all: 1.69 / Rsym value: 1.51 / Χ2: 1.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cez, 4r26

5cez

4r26


解像度: 3.935→49.247 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3285 1254 5.01 %
Rwork0.2603 --
obs0.2634 25053 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.935→49.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11500 0 721 0 12221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6417219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5614704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442093
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9351-4.09260.34821370.3522604X-RAY DIFFRACTION99
4.0926-4.27880.30361450.32052632X-RAY DIFFRACTION100
4.2788-4.50420.31661370.292643X-RAY DIFFRACTION99
4.5042-4.78620.32381410.25182616X-RAY DIFFRACTION99
4.7862-5.15540.34681400.24872650X-RAY DIFFRACTION100
5.1554-5.67350.31351400.25092650X-RAY DIFFRACTION100
5.6735-6.49290.32951370.27152655X-RAY DIFFRACTION100
6.4929-8.17430.29321440.26572658X-RAY DIFFRACTION100
8.1743-49.25110.35541330.22022691X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9951-1.9263-0.83542.10330.00086.8993-0.4891-0.7101-0.2960.36750.20060.28830.05980.41660.14161.3218-0.2380.13851.1514-0.05341.3576-444.1824-57.0772-8.219
21.80280.23540.42962.00893.66925.68730.17250.0837-0.1240.2828-0.2361-0.2713-0.146-0.6165-0.11240.99080.1420.21640.82780.12181.3296-445.8057-55.926530.6203
30.70310.1253-0.29890.1050.48034.3912-0.23270.0852-0.197-0.03140.0261-0.15160.67190.42960.24341.22620.01050.210.9938-0.00641.2872-442.1434-70.883111.0873
40.3438-0.9876-0.89583.88692.4641.81470.33850.32311.64720.51660.1039-0.0247-1.0435-0.69570.05061.79690.12840.26981.7723-0.12481.5541-445.9315-52.56-19.0967
56.36071.5641-0.29839.6867-1.67228.1238-1.35561.0285-1.21150.056-0.2099-1.5137-0.55411.14681.30991.2618-0.13940.16930.9945-0.21241.4494-439.0962-42.1918-11.3588
63.7148-0.41693.90996.8346-1.26074.045-0.36220.4077-0.5483-0.03770.1227-0.5626-1.27240.59920.20681.58-0.36870.21291.59150.05031.186-427.7548-55.4214-31.3999
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274.9572-0.64592.02230.94071.64274.6178-1.1878-1.97520.18940.24261.37580.2574-0.79292.1417-0.38092.18030.63450.10082.677-0.06922.6017-401.5254-101.8327-29.7946
283.2375-0.22720.19625.88432.79384.48211.34531.4289-0.4093-2.5889-0.7508-1.1190.8663-0.7411-0.5312.35460.32640.62471.9340.24011.7991-423.2423-81.3581-52.1138
295.08311.3208-0.13596.89711.66852.8076-1.28841.0329-0.1764-1.35040.6887-1.02920.3210.59130.41652.42770.17920.41131.61880.04881.6157-422.9182-76.6516-49.9024
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 32 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 99 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 223 through 510 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 521 through 569 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 570 through 595 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 596 through 639 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 640 through 662 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 6 through 21 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 22 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 34 through 48 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 49 through 61 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 62 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 90 through 101 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 102 through 119 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 120 through 130 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 131 through 172 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 173 through 188 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 189 through 210 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 1 through 39 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 40 through 51 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 52 through 87 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 88 through 133 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 134 through 201 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 202 through 214 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 100E)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 100F through 111 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 112 through 222 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 2 through 50 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 51 through 105 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 106 through 127 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 128 through 165 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 166 through 200 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 201 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る