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- PDB-5ui8: structure of sigmaN-holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ui8
タイトルstructure of sigmaN-holoenzyme
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • RNA polymerase sigma-54 factor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Bacterial RNA polymerase sigmaN-holoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...DNA-binding transcription activator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma factor 54 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega ...Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma factor 54 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / DNA polymerase; domain 1 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma-54 factor / RNA polymerase sigma-54 factor / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Darst, S.A. / Campbell, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1 R35 GM118130 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: TRANSCRIPTION. Structures of the RNA polymerase-sigma 54 reveal new and conserved regulatory strategies.
著者: Yang, Y. / Darbari, V.C. / Zhang, N. / Lu, D. / Glyde, R. / Wang, Y.P. / Winkelman, J.T. / Gourse, R.L. / Murakami, K.S. / Buck, M. / Zhang, X.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 0This entry 5UI8 reflects an alternative modeling of the structural data in r5byhSF original data ...This entry 5UI8 reflects an alternative modeling of the structural data in r5byhSF original data determined by Author: X.ZHANG,M.BUCK,V.C.DARBARI,Y.YANG,N.ZHANG,D.LU,R.GLYDE,Y.WANG,J.WINKELMAN,R.L.GOURSE,K.S.MURAKAMI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
M: RNA polymerase sigma-54 factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,6829
ポリマ－443,5276
非ポリマー1553
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35820 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area159570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.476, 151.524, 195.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z6, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150804.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rpoB, ECS88_4448 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIX3, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rpoZ, ECS88_4064 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MFL0, ポリメラーゼ

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タンパク質 , 1種, 1分子 M

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma-54 factor


分子量: 53988.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: SAMEA2273624_03286, SM87_03359 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J4U551, UniProt: A0A087FVZ6*PLUS

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非ポリマー , 2種, 3分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5BYH.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LJZ

4ljz


解像度: 3.76→29.642 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3116 3074 4.93 %
Rwork0.2624 --
obs0.2648 62373 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.76→29.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27002 0 3 0 27005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77537081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.69916849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7604-3.81910.39841320.38772360X-RAY DIFFRACTION89
3.8191-3.88160.3891200.3582513X-RAY DIFFRACTION92
3.8816-3.94830.42471340.35132491X-RAY DIFFRACTION92
3.9483-4.020.37721440.33392655X-RAY DIFFRACTION98
4.02-4.09710.33431230.31682748X-RAY DIFFRACTION100
4.0971-4.18050.35071470.29792667X-RAY DIFFRACTION100
4.1805-4.27110.35991440.28512688X-RAY DIFFRACTION100
4.2711-4.37020.34541430.28382719X-RAY DIFFRACTION100
4.3702-4.47910.31951400.28192708X-RAY DIFFRACTION100
4.4791-4.59980.30011320.26172702X-RAY DIFFRACTION99
4.5998-4.73460.32761380.2662700X-RAY DIFFRACTION99
4.7346-4.88680.34411170.27342744X-RAY DIFFRACTION100
4.8868-5.06060.34081230.26322737X-RAY DIFFRACTION100
5.0606-5.26220.31591450.28162724X-RAY DIFFRACTION100
5.2622-5.50020.31821460.27242725X-RAY DIFFRACTION100
5.5002-5.78820.32321330.27242731X-RAY DIFFRACTION100
5.7882-6.14780.32131580.28422730X-RAY DIFFRACTION100
6.1478-6.61760.3421520.28842743X-RAY DIFFRACTION100
6.6176-7.27460.36591470.26962747X-RAY DIFFRACTION99
7.2746-8.3070.26631580.23342763X-RAY DIFFRACTION100
8.307-10.39050.24071650.20782779X-RAY DIFFRACTION99
10.3905-29.6430.28851330.23242925X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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