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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uh6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2ntRNA in complex with Rifampin | ||||||
要素 |
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キーワード | transcription/dna/rna/antibiotic / RNA polymerase complex (RNAポリメラーゼ) / transcription (転写 (生物学)) / DNA (デオキシリボ核酸) / RNA (リボ核酸) / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex / transcription-dna-rna-antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity ...response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.837 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, W. / Das, K. / Feng, Y. / Ebright, R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Basis of Mycobacterium tuberculosis Transcription and Transcription Inhibition. 著者: Lin, W. / Mandal, S. / Degen, D. / Liu, Y. / Ebright, Y.W. / Li, S. / Feng, Y. / Zhang, Y. / Mandal, S. / Jiang, Y. / Liu, S. / Gigliotti, M. / Talaue, M. / Connell, N. / Das, K. / Arnold, E. / Ebright, R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uh6.cif.gz | 668.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uh6.ent.gz | 542.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uh6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoA, Rv3457c, MTCY13E12.10c 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGZ1, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 130018.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoB, Rv0667, MTCI376.08c 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGY9, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 146968.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoC, Rv0668, MTCI376.07c 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGY7, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11851.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoZ, Rv1390, MTCY21B4.07 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGY5, ポリメラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 HG
#6: DNA鎖 | 分子量: 7160.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 4899.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FI
#5: タンパク質 | 分子量: 57877.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: sigA, mysA, rpoD, rpoV, Rv2703, MTCY05A6.24 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGI1 |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 629.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
-非ポリマー , 3種, 4分子
#9: 化合物 | ChemComp-RFP / | ||
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#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MG / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.929 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.929 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 47440 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 355801 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.837→50.087 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 244.8 Å2 / Biso mean: 60.2698 Å2 / Biso min: 2.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.837→50.087 Å
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