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- PDB-5ucv: Crystal Structure of a Ribosome Biogenesis GTP-binding protein (Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ucv
タイトルCrystal Structure of a Ribosome Biogenesis GTP-binding protein (YsxC) from Neisseria gonorrhoeae with bound GDP
要素Probable GTP-binding protein EngB
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / SSGCID / GDP / YsxC / engB / ribosome biogensis / GTP-binding / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein, ribosome biogenesis, YsxC / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / Probable GTP-binding protein EngB
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Ribosome Biogenesis GTP-binding protein (YsxC) from Neisseria gonorrhoeae with bound GDP
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable GTP-binding protein EngB
B: Probable GTP-binding protein EngB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1148
ポリマ－49,3302
非ポリマー7846
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.110, 68.440, 126.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable GTP-binding protein EngB


分子量: 24665.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌)
株: NCCP11945 / 遺伝子: engB, NGK_0143 / プラスミド: NegoA.00252.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4RQ29

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非ポリマー , 6種, 321分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NegoA.00252.a.B1.PW37899 at 17.5 mg/ml, incubated with 4 mM MgCl2, 3 mM GTP, protein mixed 1:1 and incubated with an equal volume MCSG1(c4): 25.5% (w/v) PEG-4000, 15% (v/v) glycerol, 0.085 M ...詳細: NegoA.00252.a.B1.PW37899 at 17.5 mg/ml, incubated with 4 mM MgCl2, 3 mM GTP, protein mixed 1:1 and incubated with an equal volume MCSG1(c4): 25.5% (w/v) PEG-4000, 15% (v/v) glycerol, 0.085 M sodium acetate:HCl, 0.17 M ammonium acetate, cryoprotected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.204 Å / Num. obs: 42802 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.058 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 17.88 / Num. measured all: 259276 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.855.3510.562.95164923090308230820.8080.62199.7
1.85-1.96.0750.4544.1318576306030580.8790.49699.9
1.9-1.956.1580.3525.4818252296729640.9320.38599.9
1.95-2.016.180.2916.5417830288728850.9510.31799.9
2.01-2.086.1760.2378.0417242279527920.9650.25999.9
2.08-2.156.160.18310.0716620270026980.9790.299.9
2.15-2.236.1730.14812.2716032259925970.9850.16199.9
2.23-2.326.1440.1313.8615550253325310.9880.14299.9
2.32-2.436.1670.11415.3914814240424020.9920.12599.9
2.43-2.556.1540.09917.4614376233623360.9930.108100
2.55-2.686.1590.08519.9513605221022090.9950.093100
2.68-2.856.1450.07222.3912922210321030.9960.079100
2.85-3.046.1430.0626.6112120197319730.9970.065100
3.04-3.296.1190.0531.4911388186218610.9980.05499.9
3.29-3.66.0820.04137.2810334170116990.9980.04599.9
3.6-4.026.0740.03542.089487156315620.9990.03899.9
4.02-4.656.0330.03246.168289137413740.9990.035100
4.65-5.695.9350.03144.717098119611960.9990.034100
5.69-8.055.7830.03342.3753789349300.9990.03699.6
8.05-48.2045.220.02748.0628715625500.9990.0397.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DHE

4dhe


解像度: 1.8→48.204 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 2046 4.78 %
Rwork0.1672 --
obs0.1691 42797 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.42 Å2 / Biso mean: 23.7496 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2905 0 54 319 3278
Biso mean--40.55 33.66 -
残基数----373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8184181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4751846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8001-1.8420.27511520.244626152767
1.842-1.8880.25151210.214726922813
1.888-1.93910.23631450.18726602805
1.9391-1.99620.23381330.177326932826
1.9962-2.06060.23571170.177327002817
2.0606-2.13420.21111310.168326852816
2.1342-2.21970.18341430.163427102853
2.2197-2.32070.20661200.153826972817
2.3207-2.44310.24021260.159827262852
2.4431-2.59610.20061460.16227022848
2.5961-2.79650.20821420.171526922834
2.7965-3.07790.21531520.170127312883
3.0779-3.52320.20731410.163927452886
3.5232-4.43840.181380.144927912929
4.4384-48.22080.1871390.170129123051
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.507-0.1964-0.28852.3745-1.87784.0353-0.09960.053-0.0075-0.2471-0.1491-0.3461-0.08240.47640.17640.1772-0.01540.02310.17470.03290.1628-2.59673.009110.6273
25.17741.7093.83482.99741.95813.4164-0.0195-0.18740.51650.0208-0.094-0.261-0.4077-0.03340.09970.1502-0.01120.01410.1514-0.02040.1733-8.172312.09321.7633
31.07610.5505-0.50652.0511-0.9411.4826-0.0276-0.0196-0.1088-0.1414-0.0978-0.15770.15150.03790.06930.08230.01040.00330.11080.00220.1016-12.4925-5.856119.8993
42.3058-0.4977-0.0523.6374-1.69071.7983-0.01540.1282-0.0855-0.01790.00880.38410.0773-0.1893-0.02960.0997-0.0210.02060.116-0.03540.1821-37.78036.127438.9302
52.4043-1.0692-0.4983.5415-3.08763.69320.07290.0008-0.19410.20940.16610.8153-0.0006-0.2914-0.00860.1317-0.0220.07050.1612-0.00670.2312-41.11160.845444.4171
61.8483-0.456-0.11973.15320.44392.02190.05620.1947-0.25250.0852-0.09780.29030.3329-0.17760.03420.1015-0.0233-0.00130.1605-0.02420.1394-33.9957-1.738234.7331
71.0515-1.02560.45977.6623-3.55443.20090.0425-0.05380.00450.1313-0.1132-0.15340.01710.04860.06710.0674-0.01550.03020.1022-0.03070.0789-28.9483-1.115542.7512
81.06940.2758-0.87061.6162-0.95373.61470.0586-0.0148-0.04220.1848-0.09010.040.11940.01570.02140.0775-0.01960.00230.1063-0.00810.0915-25.2172-5.342943.7652
95.21033.2891-5.16534.4368-4.81647.44020.1222-0.3065-0.1220.2705-0.2796-0.2822-0.05840.58640.17150.1544-0.0396-0.0680.15790.00290.1676-19.0617-8.071552.9001
101.8625-0.2136-0.04982.9864-0.6872.6414-0.0448-0.11470.06640.64520.03090.1659-0.2521-0.067-0.03240.2376-0.02480.02220.1454-0.03520.1229-28.39694.049952.1652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 75 )A2 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 102 )A76 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 201 )A103 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 32 )B2 - 32
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 66 )B33 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 102 )B67 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 103 through 117 )B103 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 118 through 148 )B118 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 149 through 168 )B149 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 169 through 200 )B169 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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