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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u9c | ||||||
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タイトル | 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of dTDP-4-dehydrorhamnose Reductase from Yersinia enterocolitica | ||||||
要素 | dTDP-4-dehydrorhamnose ReductaseDTDP-4-デヒドロラムノースレダクターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / dTDP-4-dehydrorhamnose Reductase (DTDP-4-デヒドロラムノースレダクターゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DTDP-4-デヒドロラムノースレダクターゼ / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Olphie, A. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of dTDP-4-dehydrorhamnose Reductase from Yersinia enterocolitica. 著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Olphie, A. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u9c.cif.gz | 726 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u9c.ent.gz | 613.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 32101.846 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: wbbW / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q56905 #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 6種, 1455分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MLT / | #5: 化合物 | ChemComp-CIT / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-TRS / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 7.2 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (C5), 0.96M Sodium citrate (pH 7.0); Cryo: Screen : 50% Sucrose (1:1) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 179762 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 28.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.887 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 7.005 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.524 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.94 Å
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拘束条件 |
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