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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u8v | ||||||
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タイトル | Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa bound to NAD+ | ||||||
要素 | Dihydrolipoyl dehydrogenaseジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dihydrolipoamide dehydrogenase / NAD(H) binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / glycolytic process / flavin adenine dinucleotide binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: The Pyruvate and alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase Complexes of Pseudomonas aeruginosa Catalyze Pyocyanin and Phenazine-1-carboxylic Acid Reduction via the Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase. 著者: Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u8v.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u8v.ent.gz | 896.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50510.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpdG, PA14_43970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2Z9F5, ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG 3350, HEPES, KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→38.901 Å / Num. obs: 361955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.672 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.608 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LPF 解像度: 1.45→38.901 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 16.82
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.901 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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