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万見
- PDB-5ts5: Crystal structure of L-amino acid oxidase from Bothrops atrox -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ts5
タイトルCrystal structure of L-amino acid oxidase from Bothrops atrox
要素Amine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / snake venom (ヘビ毒)
機能・相同性
機能・相同性情報


envenomation resulting in positive regulation of platelet aggregation in another organism / L-phenylalaine oxidase activity / modulation of apoptotic process in another organism / L-アミノ酸オキシダーゼ / L-amino-acid oxidase activity / hemolysis in another organism / regulation of platelet aggregation / toxin activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium ...envenomation resulting in positive regulation of platelet aggregation in another organism / L-phenylalaine oxidase activity / modulation of apoptotic process in another organism / L-アミノ酸オキシダーゼ / L-amino-acid oxidase activity / hemolysis in another organism / regulation of platelet aggregation / toxin activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / apoptotic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / L-アミノ酸オキシダーゼ / L-アミノ酸オキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops atrox (カイサカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2009/10454-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/14988-8 ブラジル
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and molecular dynamics studies of L-amino acid oxidase from Bothrops atrox.
著者: Feliciano, P.R. / Rustiguel, J.K. / Soares, R.O. / Sampaio, S.V. / Cristina Nonato, M.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: entity / struct_ref_seq_dif / Item: _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年2月1日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase
B: Amine oxidase
C: Amine oxidase
D: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,42025
ポリマ－220,0674
非ポリマー5,35221
水20,9691164
1
A: Amine oxidase
B: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,89914
ポリマ－110,0342
非ポリマー2,86512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Amine oxidase
D: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,52011
ポリマ－110,0342
非ポリマー2,4879
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.640, 123.920, 105.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Amine oxidase /


分子量: 55016.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops atrox (カイサカ)
参照: UniProt: A0A0S1LJ33, UniProt: P0CC17*PLUS, 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1180分子

#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: zinc sulfate heptahydrate, sodium cacodylate pH 5, polyethylene glycol monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.84 Å / Num. obs: 80024 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1REO

1reo


解像度: 2.3→34.572 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 3987 4.99 %
Rwork0.1801 --
obs0.1826 79964 96.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14993 0 319 1164 16476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62921546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4819380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32810.30941200.23532610X-RAY DIFFRACTION93
2.3281-2.35750.27981370.23312620X-RAY DIFFRACTION93
2.3575-2.38850.31351300.24182626X-RAY DIFFRACTION93
2.3885-2.42130.29421520.23592593X-RAY DIFFRACTION94
2.4213-2.45580.3481290.22672642X-RAY DIFFRACTION93
2.4558-2.49250.27251330.21882656X-RAY DIFFRACTION94
2.4925-2.53140.28471440.2162652X-RAY DIFFRACTION94
2.5314-2.57290.2751200.22172649X-RAY DIFFRACTION95
2.5729-2.61730.2581200.22082684X-RAY DIFFRACTION95
2.6173-2.66480.26891490.21832653X-RAY DIFFRACTION95
2.6648-2.71610.28751380.20362710X-RAY DIFFRACTION95
2.7161-2.77150.27171640.20272660X-RAY DIFFRACTION96
2.7715-2.83170.28371370.20512738X-RAY DIFFRACTION96
2.8317-2.89760.24641290.19472693X-RAY DIFFRACTION96
2.8976-2.970.28131490.19582728X-RAY DIFFRACTION97
2.97-3.05020.25481650.20062733X-RAY DIFFRACTION97
3.0502-3.13990.26071340.192740X-RAY DIFFRACTION97
3.1399-3.24120.23991520.1812753X-RAY DIFFRACTION98
3.2412-3.3570.21081530.172802X-RAY DIFFRACTION98
3.357-3.49130.24981450.16742768X-RAY DIFFRACTION99
3.4913-3.650.19791620.16132778X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.84220.19141500.15072796X-RAY DIFFRACTION99
3.8422-4.08260.18061610.14412789X-RAY DIFFRACTION99
4.0826-4.39720.18171410.13622785X-RAY DIFFRACTION99
4.3972-4.83860.15351410.132795X-RAY DIFFRACTION98
4.8386-5.53630.20951450.152810X-RAY DIFFRACTION98
5.5363-6.96580.19081400.18632764X-RAY DIFFRACTION97
6.9658-34.57580.18241470.16582750X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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