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- PDB-5tds: Toluene bound in the resting active site of toluene 4-monooxygena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tds
タイトルToluene bound in the resting active site of toluene 4-monooxygenase (T4moH)
要素(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Diiron / hydroxylase (ヒドロキシル化) / substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like ...TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / トルエン / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.719 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: In-crystal reaction cycle of a toluene-bound diiron hydroxylase.
著者: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Brunold, T.C. / Fox, B.G.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
E: Toluene-4-monooxygenase system protein E
F: Toluene-4-monooxygenase system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,28229
ポリマ－210,9756
非ポリマー1,30723
水35,9041993
1
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
ヘテロ分子

D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
E: Toluene-4-monooxygenase system protein E
F: Toluene-4-monooxygenase system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,28229
ポリマ－210,9756
非ポリマー1,30723
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area28900 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area57810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.386, 176.906, 55.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-847-

HOH

21B-886-

HOH

31E-745-

HOH

41E-779-

HOH

51E-799-

HOH

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要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Toluene-4-monooxygenase hydroxylase subunit / T4moH


分子量: 57453.438 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-493 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / T4moE


分子量: 38433.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / T4moB


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (シュードモナス・メンドシナ)
遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

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非ポリマー , 5種, 2016分子

#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-MBN / TOLUENE / ベンジリジンラジカル / トルエン


分子量: 92.138 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM MOPS/HEPES pH 7.5, 100 mM MgCl2, 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98757 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月11日
放射モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.719→50 Å / Num. obs: 177282 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 3.22
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 5.1 % / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dhg

3dhg


解像度: 1.719→40.782 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1731 2009 1.13 %
Rwork0.1301 --
obs0.1305 177282 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.719→40.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14392 0 77 1993 16462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98320411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3845474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7186-1.76160.20781370.137811769X-RAY DIFFRACTION94
1.7616-1.80920.22881370.127912375X-RAY DIFFRACTION98
1.8092-1.86250.19231550.124112394X-RAY DIFFRACTION99
1.8625-1.92260.20461380.123912377X-RAY DIFFRACTION99
1.9226-1.99130.19761410.127712427X-RAY DIFFRACTION99
1.9913-2.0710.17051420.120712396X-RAY DIFFRACTION99
2.071-2.16530.18121330.117712411X-RAY DIFFRACTION99
2.1653-2.27940.16861480.116912457X-RAY DIFFRACTION99
2.2794-2.42220.17151450.122312517X-RAY DIFFRACTION99
2.4222-2.60920.17181420.13112576X-RAY DIFFRACTION99
2.6092-2.87170.18531440.139612675X-RAY DIFFRACTION100
2.8717-3.28710.15891520.141512772X-RAY DIFFRACTION100
3.2871-4.14080.16141400.124412859X-RAY DIFFRACTION100
4.1408-40.79350.15331550.140813268X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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