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- PDB-5tdg: Crystal structure of prefusion-stabilized bovine RSV F (DS-Cav1 v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdg
タイトルCrystal structure of prefusion-stabilized bovine RSV F (DS-Cav1 variant: strain ATue51908)
要素Fusion glycoprotein F0,Fibritin
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Bovine RSV F / prefusion stabilized
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine respiratory syncytial virus (ウイルス)
Enterobacteria phage T2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chen, L. / Zhang, B. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2017
タイトル: Protection of calves by a prefusion-stabilized bovine RSV F vaccine.
著者: Zhang, B. / Chen, L. / Silacci, C. / Thom, M. / Boyington, J.C. / Druz, A. / Joyce, M.G. / Guzman, E. / Kong, W.P. / Lai, Y.T. / Stewart-Jones, G.B.E. / Tsybovsky, Y. / Yang, Y. / Zhou, T. / ...著者: Zhang, B. / Chen, L. / Silacci, C. / Thom, M. / Boyington, J.C. / Druz, A. / Joyce, M.G. / Guzman, E. / Kong, W.P. / Lai, Y.T. / Stewart-Jones, G.B.E. / Tsybovsky, Y. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Mascola, J.R. / Corti, D. / Lanzavecchia, A. / Taylor, G. / Kwong, P.D.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
B: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
C: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,6166
ポリマ－173,9533
非ポリマー6643
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16900 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area58580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.069, 127.033, 92.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Fibritin


分子量: 57984.219 Da / 分子数: 3 / 変異: S155C, S190F, V207L and S290C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T2 (ファージ)
株: ATue51908 / 遺伝子: wac / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9YS24, UniProt: Q76VI8
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% (w/v) PEG 3350, and 0.1M sodium acetate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→92.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.65→92.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 0.01 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2358 5 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2073 45018 96.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 223.28 Å2 / Biso mean: 81.405 Å2 / Biso min: 38.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å2-1.54 Å2
2--4.34 Å20 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→92.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11196 0 42 30 11268
Biso mean--133.5 73.01 -
残基数----1440
LS精密化 シェル解像度: 2.647→2.716 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 159 -
Rwork0.277 3192 -
all-3351 -
obs--92.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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