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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t47 | ||||||
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Title | Crystal structure of the D. melanogaster eIF4E-eIF4G complex | ||||||
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Function / homology | ![]() TOR signaling pathway / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / ISG15 antiviral mechanism / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mTORC1-mediated signalling / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation ...TOR signaling pathway / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / ISG15 antiviral mechanism / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mTORC1-mediated signalling / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation / muscle cell postsynaptic specialization / trans-synaptic signaling / neuronal ribonucleoprotein granule / RNA metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gruener, S. / Peter, D. / Weber, R. / Wohlbold, L. / Chung, M.-Y. / Weichenrieder, O. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Structures of eIF4E-eIF4G Complexes Reveal an Extended Interface to Regulate Translation Initiation. Authors: Gruner, S. / Peter, D. / Weber, R. / Wohlbold, L. / Chung, M.Y. / Weichenrieder, O. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 273 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 227.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5t46C ![]() 5t48C ![]() 4ue8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 21249.037 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 7410.389 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 36 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.25 / Details: 0.1 M TrisHCl pH 8.25, 0.2 M MgCl2, 32% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2015 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.2→41.42 Å / Num. obs: 20740 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 27.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 6.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.683 / Rsym value: 0.609 / % possible all: 91 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4UE8 Resolution: 2.2→41.415 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / Phase error: 29 Details: TORSIONAL NCS RESTRAINTS WERE APPLIED RELATING CHAINS A, B TO CHAINS C, D. HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→41.415 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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