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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qln | ||||||
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タイトル | Group deposition of library data - Crystal Structure of EcDsbA after initial refinement with no ligand modelled (structure COMU_1) | ||||||
要素 | Thiol:disulfide interchange protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN (酸化還元反応) / DSBA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.409 Å | ||||||
データ登録者 | Ilyichova, O.V. / Bentley, M.R. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Rapid Elaboration of Fragments into Leads by X-ray Crystallographic Screening of Parallel Chemical Libraries (REFiLX). 著者: Bentley, M.R. / Ilyichova, O.V. / Wang, G. / Williams, M.L. / Sharma, G. / Alwan, W.S. / Whitehouse, R.L. / Mohanty, B. / Scammells, P.J. / Heras, B. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Capuano, B. ...著者: Bentley, M.R. / Ilyichova, O.V. / Wang, G. / Williams, M.L. / Sharma, G. / Alwan, W.S. / Whitehouse, R.L. / Mohanty, B. / Scammells, P.J. / Heras, B. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Capuano, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qln.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qln.ent.gz | 66.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qln.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/5qln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/5qln | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002060 (149エントリ) |
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タイトル | Crystal Structures of EcDsbA soaked with a library of unpurified reactions after initial automated refinement |
タイプ | undefined |
解説 | EcDsbA crystals were soaked with 93 diverse amide reactions. The structures after the initial refinement are presented in this group deposition alongside with 34 apo structures that were used in the calculations of the ground state by PANDDA |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dsbA / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A073FPA6, UniProt: P0AEG4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 % / Mosaicity: 0.31 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13% PEG 8000 5-7.5% GLYCEROL 1 MM CUCL2 100 MM SODIUM CACODYLATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.38→37.25 Å / Num. obs: 17183 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 64109 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.409→37.246 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 29.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.23 Å2 / Biso mean: 31.5782 Å2 / Biso min: 7.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.409→37.246 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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