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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qhs | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of human FAM83B in complex with FF000014a | ||||||
要素 | Protein FAM83B | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / DUF1669 domain / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to mitotic spindle / keratin filament / keratin filament binding / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of TOR signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle ...protein localization to mitotic spindle / keratin filament / keratin filament binding / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of TOR signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor binding / Signaling by EGFR / mitotic spindle pole / BMP signaling pathway / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell population proliferation / positive regulation of cell migration / protein kinase binding / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Fox, A.E. / Talon, R. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Collins, P. / Zhang, R. / von Delft, F. / Bountra, C. ...Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Fox, A.E. / Talon, R. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Collins, P. / Zhang, R. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bullock, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) 著者: Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Fox, A.E. / Talon, R. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Collins, P. / Zhang, R. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bullock, A.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qhs.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qhs.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/5qhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/5qhs | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002046 (11エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) |
タイプ | changed state |
解説 | Human FAM83B DUF1669 domain screened against DSPL and OxXChem Libraries by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 5lzkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: other data / 詳細: Complete PanDDA analysis / Metadata reference: 10.5281/zenodo.1247291 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20783.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM83B, C6orf143 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5T0W9 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GQV / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 27.3% Tacsimate pH 7.0, 0.15 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→51.41 Å / Num. obs: 15563 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 188277 / Scaling rejects: 82 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5LZK 解像度: 1.95→50.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.486 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.32 Å2 / Biso mean: 34.551 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→50.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.948→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
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