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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qho | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of human FAM83B in complex with FMOPL000010a | ||||||
![]() | Protein FAM83B | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to mitotic spindle / keratin filament / keratin filament binding / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / intermediate filament cytoskeleton organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Fox, A.E. / Talon, R. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Collins, P. / Zhang, R. / von Delft, F. / Bountra, C. ...Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Fox, A.E. / Talon, R. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Collins, P. / Zhang, R. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bullock, A.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) 著者: Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Fox, A.E. / Talon, R. / Krojer, T. / Douangamath, A. / Collins, P. / Zhang, R. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bullock, A.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002046 (11エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) |
タイプ | changed state |
解説 | Human FAM83B DUF1669 domain screened against DSPL and OxXChem Libraries by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5lzkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: other data / 詳細: Complete PanDDA analysis / Metadata reference: 10.5281/zenodo.1247291 |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20783.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 27.3% Tacsimate pH 7.0, 0.15 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.66→50.48 Å / Num. obs: 24132 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 195256 / Scaling rejects: 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5LZK 解像度: 1.66→50.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.649 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.09 Å2 / Biso mean: 33.598 Å2 / Biso min: 18.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.66→50.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.658→1.701 Å / Total num. of bins used: 20
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