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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5prn | ||||||
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タイトル | E1M, Y96W, S119W MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN | ||||||
要素 | PORINポリン (タンパク質) | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / PORIN (ポリン (タンパク質)) / PORE EYELET MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter blasticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Maveyraud, L. / Schmid, B. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Porin mutants with new channel properties. 著者: Schmid, B. / Maveyraud, L. / Kromer, M. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: Expression of Porin from Rhodopseudomonas Blastica in Escherichia Coli Inclusion Bodies and Folding Into Exact Native Structure 著者: Schmid, B. / Kromer, M. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Refined Structure of the Porin from Rhodopseudomonas Blastica. Comparison with the Porin from Rhodobacter Capsulatus 著者: Kreusch, A. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5prn.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5prn.ent.gz | 53.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5prn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/5prn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/5prn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30733.104 Da / 分子数: 1 / 変異: E1M, Y96W, S119W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter blasticus (バクテリア) 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / プラスミド: PET-3B / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P39767 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kreusch, A., (1994) J.Mol.Biol., 243, 891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→12 Å / Num. obs: 31979 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.142 / % possible all: 78.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78 % / Num. unique obs: 2657 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1PRN 解像度: 2→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |