PDB-5ol6: Crystal structure of an inactivated Npu SICLOPPS intein with CAFH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ol6

タイトル

Crystal structure of an inactivated Npu SICLOPPS intein with CAFHPQ extein

要素

Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type,DNA-directed DNA polymerase

キーワード

SPLICING /

intein /

extein /

SICLOPPS /

cyclic peptide (環状ペプチド)

機能・相同性

機能・相同性情報

intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity /

helicase activity /

DNA複製 /

nucleic acid binding /

DNAポリメラーゼ /

DNA-directed DNA polymerase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc punctiforme (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kick, L.M. / Schneider, S.

資金援助

ドイツ, 4件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Mechanistic Insights into Cyclic Peptide Generation by DnaE Split-Inteins through Quantitative and Structural Investigation.
著者: Kick, L.M. / Harteis, S. / Koch, M.F. / Schneider, S.

履歴

登録	2017年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ol6.cif.gz	129.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ol6.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ol6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/5ol6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/5ol6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ol1C 5ol5C 5ol7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zix-2 6k1r-1 4cqe-2 4xyf-d 3k6x-2 3p86-1 6vdt-d 4fk3-2 4xhd-d 6tfw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (8) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (7) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type,DNA-directed DNA polymerase

B: Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type,DNA-directed DNA polymerase

34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.963, 69.708, 73.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type,DNA-directed DNA polymerase 分子量: 17406.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (strain ATCC 29133 / PCC 73102) (バクテリア) 遺伝子: Npun_F5684, Npun_F4872 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B2J821, UniProt: B2J066, DNAポリメラーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type,DNA-directed DNA polymerase

分子量: 17406.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Nostoc punctiforme (strain ATCC 29133 / PCC 73102) (バクテリア)
遺伝子: Npun_F5684, Npun_F4872 / プラスミド: pBAD / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B2J821, UniProt: B2J066,

DNAポリメラーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 200mM magnesium choride, 100 mM MES pH 6, 20 % (w/v) PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.852 Å / Num. obs: 18190 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 1790 / CC_1/2: 0.425 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→41.852 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	910	5 %
R_work	0.2019	-	-
obs	0.2039	18189	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2346	0	0	40	2386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2395
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779	3240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.47	1438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.1055	0.3527	128	0.3285	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1055-2.2374	0.3195	128	0.2954	2424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2374-2.4101	0.2923	128	0.2611	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4101-2.6526	0.3267	128	0.2593	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6526-3.0363	0.2578	129	0.2302	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0363-3.8251	0.2361	131	0.1924	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8251-41.8612	0.2084	138	0.165	2613	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5991	3.6289	1.6904	3.9712	1.7687	2.7776	-0.199	1.2963	-0.0558	-0.581	0.271	-0.2928	-0.2347	0.2443	0.0048	0.5973	0.0555	0.0755	0.9442	0.1296	0.5913	81.9867	70.2646	159.8845
2	6.5082	0.0097	-0.9014	2.3741	1.4586	3.4427	0.0114	0.3768	-0.43	-0.3594	-0.1582	0.1441	-0.2036	0.0328	-0.0185	0.5135	0.0532	-0.1716	0.3559	0.051	0.396	50.962	82.6048	148.9746
3	4.7051	0.4356	-0.0648	3.7898	0.3939	2.5037	0.1086	-0.3831	-0.403	0.1759	0.1616	-0.0688	0.1002	0.045	-0.3267	0.3191	-0.0201	-0.0199	0.2151	0.0368	0.3998	55.7452	86.0931	165.6765
4	6.3269	0.4828	-1.1907	5.4804	1.4176	8.7405	-0.057	0.1734	-0.0506	-0.2634	0.0184	0.1466	0.1396	0.6168	0.01	0.3464	0.0259	-0.0142	0.316	0.0416	0.3684	55.8899	92.3825	161.6378
5	5.1502	0.6698	-1.1178	7.0006	-0.6577	4.9483	0.027	-0.4976	-0.0936	0.5226	-0.03	-0.1296	0.0718	0.4499	-0.0252	0.3211	0.0307	-0.0325	0.2799	-0.0468	0.26	57.0447	89.6718	170.9981
6	8.4023	1.7016	0.4448	4.9932	1.8624	5.2775	-0.0882	0.7458	0.5136	-0.2123	0.3734	0.4628	-0.0818	-0.0747	-0.1657	0.4198	0.0308	-0.0246	0.2873	0.0534	0.3405	51.8231	85.1013	151.6457
7	3.6053	4.3325	0.0302	6.7427	-1.89	2.2469	0.0491	0.2318	-0.5045	-0.4944	0.2313	-0.0983	0.6955	0.5287	-0.1478	0.4234	0.0735	-0.0767	0.3403	-0.0082	0.3723	54.8923	75.6716	157.926
8	1.4061	0.4426	1.1407	3.6453	5.4155	8.653	0.1021	0.0256	-0.1801	0.248	-0.7842	0.9381	0.3089	-0.8367	0.6396	0.4376	-0.067	-0.057	0.359	0.0571	0.5501	45.1456	80.3938	164.7557
9	6.0341	0.4441	-3.7058	5.9761	-3.4342	8.8499	-0.8452	0.5962	0.0749	-1.867	-0.0238	0.0982	2.5841	-1.0487	0.8335	0.787	-0.2559	0.0389	0.7891	0.029	0.6216	74.3938	58.2049	163.8976
10	1.2987	-0.8613	-0.9276	1.4009	0.0772	3.7803	0.3695	0.5579	0.5028	-0.0137	-0.2789	0.2654	-0.4104	-0.0198	-0.0719	0.4703	0.032	-0.0301	0.7983	0.168	0.6085	70.5294	73.7447	173.2612
11	2.6818	-1.295	-1.5004	3.3373	0.6865	3.1524	-0.2245	1.4619	0.0968	0.2857	-0.1607	-0.2948	0.6617	0.0953	-0.0544	0.4866	0.0964	0.0305	0.9106	0.1264	0.4939	78.7017	72.7481	166.1329
12	6.2859	0.7639	-0.1543	1.5414	1.8393	1.6261	0.8481	1.1899	1.211	0.1352	-0.5071	0.3257	-0.0436	-0.5978	-0.3983	0.5871	0.0841	-0.0069	0.9439	0.1983	0.6646	68.7461	71.3749	173.2295
13	4.6589	1.2193	-1.1999	4.9182	-0.3909	3.4474	0.3279	0.7864	0.5512	0.0637	-0.1204	-0.2778	-0.484	-0.3275	-0.1431	0.4871	0.0474	0.0553	0.6451	0.161	0.551	80.2982	79.389	172.1814
14	2.0559	1.467	0.1094	3.4892	-0.455	3.0899	-0.1656	0.5185	0.1228	0.1555	0.1085	0.3975	0.07	-0.5805	0.0385	0.349	0.0069	-0.0357	0.8571	0.1351	0.4612	72.6408	66.617	172.3557
15	5.4836	-0.5373	-4.8725	1.6703	1.5822	9.7403	0.2966	1.2038	0.6511	-0.3229	0.707	0.7254	-0.6586	-3.3907	-0.824	0.5035	0.1205	-0.0039	1.2008	0.2231	0.6729	70.102	69.6966	161.6138
16	3.9344	-1.3954	0.159	6.1912	-3.0925	4.5201	-0.6866	0.8564	0.0172	0.9614	1.2373	0.7526	0.1621	-1.0926	-0.4281	0.8023	0.0801	-0.0147	1.2383	0.0317	0.5301	67.8135	64.3612	160.6108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 132 through 145 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 15 through 35 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 36 through 65 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 66 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 110 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 111 through 131 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 132 through 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 10 through 24 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 25 through 35 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 36 through 48 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 49 through 85 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 86 through 110 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 111 through 122 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 123 through 131 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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