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- PDB-5ol2: The electron transferring flavoprotein/butyryl-CoA dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ol2
タイトルThe electron transferring flavoprotein/butyryl-CoA dehydrogenase complex from Clostridium difficile
要素
  • (Electron transfer flavoprotein ...電子伝達フラビンタンパク質) x 2
  • Acyl-CoA dehydrogenaseアシルCoAデヒドロゲナーゼ
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Flavin based electron bifurcation / Bioenergetics / electron transferring flavoprotein / acyl-CoA dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


acryloyl-CoA reductase (NADH) activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ / butyryl-CoA dehydrogenase activity / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Electron transfer flavoprotein subunit alpha, conserved site / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain ...Electron transfer flavoprotein subunit alpha, conserved site / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain / Electron transfer flavoprotein domain / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A PERSULFIDE / フラビンアデニンジヌクレオチド / アシルCoAデヒドロゲナーゼ / Electron transfer flavoprotein subunit beta / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit / Electron transfer flavoprotein subunit beta / Electron transfer flavoprotein subunit alpha / 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Demmer, J.K. / Chowdhury, N.P. / Selmer, T. / Ermler, U. / Buckel, W.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation ドイツ
SYNMIKRO ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The semiquinone swing in the bifurcating electron transferring flavoprotein/butyryl-CoA dehydrogenase complex from Clostridium difficile.
著者: Demmer, J.K. / Pal Chowdhury, N. / Selmer, T. / Ermler, U. / Buckel, W.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Electron transfer flavoprotein large subunit
B: Electron transfer flavoprotein small subunit
C: Acyl-CoA dehydrogenase
D: Electron transfer flavoprotein large subunit
E: Electron transfer flavoprotein small subunit
F: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,08219
ポリマ－210,5696
非ポリマー6,51313
水0
1
A: Electron transfer flavoprotein large subunit
B: Electron transfer flavoprotein small subunit
C: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5219
ポリマ－105,2853
非ポリマー3,2366
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13150 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area40780 Å2
手法PISA
2
D: Electron transfer flavoprotein large subunit
E: Electron transfer flavoprotein small subunit
F: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,56110
ポリマ－105,2853
非ポリマー3,2767
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13330 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area40860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.060, 177.060, 493.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain C
22chain F
13chain B
23chain E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYchain AAA1 - 3311 - 331
21GLYGLYchain DDD1 - 3311 - 331
12LYSLYSchain CCC1 - 3781 - 378
22LYSLYSchain FFF1 - 3781 - 378
13ILEILEchain BBB6 - 2651 - 260
23ILEILEchain EEE6 - 2651 - 260

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Electron transfer flavoprotein ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Electron transfer flavoprotein large subunit / 電子伝達フラビンタンパク質 / Electron transfer flavoprotein subunit alpha


分子量: 35587.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
遺伝子: etfA, etfA_4, BN1095_140023, BN1096_550022, BN1097_530021, SAMEA3374989_03962, SAMEA3375004_04103, SAMEA3375059_03747
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A031WK27, UniProt: A0A125V455*PLUS
#2: タンパク質 Electron transfer flavoprotein small subunit / 電子伝達フラビンタンパク質 / Electron transfer flavoprotein subunit beta / Electron transfer flavoproteins subunit beta


分子量: 28346.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
遺伝子: etfB, etfB_3, etfB_4, BN1095_140022, BN1096_550021, BN1097_530020, IM33_05895, SAMEA3374973_01501, SAMEA3374989_03963, SAMEA3375004_04104, SAMEA3375059_03748
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A031WJM1, UniProt: A0A125V3V6*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ / Acyl-CoA dehydrogenase / short-chain specific / Butyryl-CoA dehydrogenase


分子量: 41350.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
遺伝子: acdA, bcd, BN1095_140021, BN1096_550020, BN1097_530019, IM33_05890, SAMEA3374973_01502, SAMEA3374989_03964, SAMEA3375004_04105, SAMEA3375059_03749
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A031WJ47, UniProt: A0A125V4E7*PLUS, 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-COS / COENZYME A PERSULFIDE


分子量: 799.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M calcium acetate; 14 % (v/v) PEG 400; 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.866 Å / Num. obs: 70563 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 104.56 Å2 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPU and 4L1F

4kpu

4l1f


解像度: 3.1→48.866 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.95 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 3479 4.98 %
Rwork0.2088 66331 -
obs0.2113 69810 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 373.66 Å2 / Biso mean: 130.8201 Å2 / Biso min: 72.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14744 0 421 0 15165
Biso mean--150.75 --
残基数----1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01915415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.89620888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0972392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7969188
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3100X-RAY DIFFRACTION6.936TORSIONAL
12D3100X-RAY DIFFRACTION6.936TORSIONAL
21C3654X-RAY DIFFRACTION6.936TORSIONAL
22F3654X-RAY DIFFRACTION6.936TORSIONAL
31B2448X-RAY DIFFRACTION6.936TORSIONAL
32E2448X-RAY DIFFRACTION6.936TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.14250.52331220.51382531265395
3.1425-3.18730.55361180.46612584270296
3.1873-3.23490.47911330.42622538267195
3.2349-3.28540.50221460.41222586273297
3.2854-3.33930.42811290.40142608273797
3.3393-3.39690.48611570.36932556271397
3.3969-3.45860.40111490.33052590273997
3.4586-3.52510.35151330.30122619275297
3.5251-3.59710.34011310.28612617274897
3.5971-3.67520.29481250.27242613273897
3.6752-3.76070.29091610.26432622278399
3.7607-3.85470.32181120.24382660277298
3.8547-3.95890.27761310.22732651278298
3.9589-4.07530.25741300.21892657278799
4.0753-4.20680.25761330.20282650278398
4.2068-4.35710.25361370.18882641277898
4.3571-4.53140.19971470.16982675282298
4.5314-4.73750.23751430.16122654279799
4.7375-4.9870.19111510.1622680283199
4.987-5.29910.21021460.16062704285099
5.2991-5.70770.24441330.165327462879100
5.7077-6.2810.22141580.166127212879100
6.281-7.18740.22781480.17627432891100
7.1874-9.0460.20421400.158228032943100
9.046-48.8720.23761660.19222882304898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5797-1.0289-0.58681.99420.64033.1169-0.0877-0.0789-0.7055-0.2161-0.01120.22020.6388-0.23640.10181.6433-0.0990.02971.050.03471.0393-93.8201-60.4995-20.249
28.01480.38011.30352.91920.84367.5503-0.07430.3642-0.8986-0.26880.5052-0.3190.61420.5546-0.38271.6513-0.1711-0.0090.8364-0.0751.1016-85.9009-48.260514.6302
32.40911.39291.64744.161-1.45723.4172-0.08050.00660.27960.00080.15710.4107-0.9544-0.0078-0.10041.5363-0.01530.00361.04-0.18851.1203-85.977-29.6181-16.6
43.8975-1.0571.82323.7339-0.35592.0305-0.1965-0.0468-0.2168-0.2627-0.05120.02390.49280.14090.26851.55750.11760.09811.252-0.13141.0095-81.7356-43.3696-23.3158
52.3441.9520.50376.20363.46843.98830.2483-0.18140.54960.277-0.49320.4196-0.74930.31530.1281.6177-0.00040.05911.3217-0.12411.1331-78.3667-23.4228-17.5215
68.26915.2891-5.40753.7645-4.45036.0736-0.15181.2667-0.1236-1.44990.71470.96440.4841-0.3151-0.68321.42690.2354-0.17961.2687-0.15940.9549-97.246-34.315-34.6747
71.6982-1.62812.35152.0827-2.68323.52070.6059-0.11670.0261-0.31290.05440.34411.7408-0.2784-0.64771.49780.06310.02941.1695-0.0441.2781-101.141-51.76183.8745
86.2257-0.38694.96561.1633-2.3718.3233-0.1082-0.32940.3335-0.0705-0.0202-0.32730.823-0.22990.08631.42780.10270.10750.9571-0.17461.1423-73.8931-20.07080.0436
92.5961-0.042-0.05181.35170.11972.5466-0.120.43460.0404-0.41170.1441-0.21120.13940.4518-0.01631.1248-0.09420.0720.9711-0.04130.8439-68.7326-6.14096.394
101.4134-0.54340.85624.8758-1.25423.6571-0.0138-0.18820.1882-0.0889-0.0832-0.7225-0.12340.89220.0670.8797-0.11430.05591.76640.0140.9379-28.21945.460466.1265
111.603-1.4222.42231.1437-2.01173.64350.077-0.0217-0.7519-0.40730.67310.28791.41330.9182-0.72421.4713-0.0103-0.28681.94230.02071.2347-39.799-11.26340.569
123.01781.54952.13927.58841.7387.20720.31270.2623-0.57090.3747-0.1037-0.43960.43821.1427-0.20260.9704-0.1908-0.08072.00860.03361.1561-40.2613-2.740130.4926
133.09792.3054-1.47323.74441.1663.5259-0.14850.20170.2153-0.16670.31290.3826-0.367-1.1459-0.22251.01050.0567-0.18571.57720.06551.1315-59.2853-2.951962.3716
144.1316-0.3621.05878.6245-2.08414.19470.07490.0561-0.0835-0.3138-0.4477-0.62810.34660.70750.34581.03170.2094-0.10611.4365-0.03350.8723-45.5828-7.141369.1711
155.49821.07934.57492.30931.70164.4854-0.02250.29710.60060.32430.14180.19530.8228-0.1306-0.19651.2225-0.1609-0.11531.67340.10551.0726-65.5262-10.498863.3778
169.51236.0077-4.46417.0017-4.57543.04350.2659-1.04850.90861.09050.1102-0.228-0.00130.5469-0.45641.51540.2866-0.1641.7103-0.41431.3422-54.48188.700980.2517
174.9815-3.1868-4.5123.37773.78214.59360.1819-0.24051.0579-0.54060.9099-0.2426-0.8011.8488-1.04930.9786-0.26540.0431.2374-0.01161.1012-36.864211.746541.891
181.2373-0.1806-2.03623.6053.20387.61550.1153-0.5805-0.355-0.482-0.0633-0.03-0.3361.11710.010.92430.0696-0.19341.40130.06871.1079-68.8629-15.224645.7729
191.42760.11760.19022.33390.18112.0710.155-0.4153-0.26640.4353-0.1307-0.03180.47090.1505-0.02221.0607-0.1041-0.04891.12460.07820.8411-82.9493-19.992339.4648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 200 )A1 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 201 through 401 )A201 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 97 )B6 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 98 through 181 or resid 300 through 300 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 182 through 209 )B182 - 209
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 210 through 224 )B210 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 225 through 265 )B225 - 265
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 46 )C1 - 46
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 47 through 401 )C47 - 401
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 194 )D1 - 194
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 195 through 222 )D195 - 222
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 223 through 401 )D223 - 401
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 6 through 97 )E6 - 97
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 98 through 181 )E98 - 181
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 182 through 209 )E182 - 209
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 210 through 224 )E210 - 224
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 225 through 265 )E225 - 265
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 1 through 46)F1 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 47 through 401)F47 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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