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Yorodumi- PDB-5ol2: The electron transferring flavoprotein/butyryl-CoA dehydrogenase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ol2 | ||||||||||||
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Title | The electron transferring flavoprotein/butyryl-CoA dehydrogenase complex from Clostridium difficile | ||||||||||||
Components |
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Keywords | FLAVOPROTEIN / Flavin based electron bifurcation / Bioenergetics / electron transferring flavoprotein / acyl-CoA dehydrogenase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information acryloyl-CoA reductase (NADH) activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With unknown physiological acceptors / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / butyryl-CoA dehydrogenase activity / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Clostridioides difficile (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.1 Å | ||||||||||||
Authors | Demmer, J.K. / Chowdhury, N.P. / Selmer, T. / Ermler, U. / Buckel, W. | ||||||||||||
Funding support | Germany, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: The semiquinone swing in the bifurcating electron transferring flavoprotein/butyryl-CoA dehydrogenase complex from Clostridium difficile. Authors: Demmer, J.K. / Pal Chowdhury, N. / Selmer, T. / Ermler, U. / Buckel, W. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ol2.cif.gz | 780.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ol2.ent.gz | 649.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ol2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/5ol2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/5ol2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET
NCS ensembles :
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-Components
-Electron transfer flavoprotein ... , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | Mass: 35587.957 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile (bacteria) Gene: etfA, etfA_4, BN1095_140023, BN1096_550022, BN1097_530021, SAMEA3374989_03962, SAMEA3375004_04103, SAMEA3375059_03747 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A031WK27, UniProt: A0A125V455*PLUS #2: Protein | Mass: 28346.551 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile (bacteria) Gene: etfB, etfB_3, etfB_4, BN1095_140022, BN1096_550021, BN1097_530020, IM33_05895, SAMEA3374973_01501, SAMEA3374989_03963, SAMEA3375004_04104, SAMEA3375059_03748 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A031WJM1, UniProt: A0A125V3V6*PLUS |
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-Protein , 1 types, 2 molecules CF
#3: Protein | Mass: 41350.234 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile (bacteria) Gene: acdA, bcd, BN1095_140021, BN1096_550020, BN1097_530019, IM33_05890, SAMEA3374973_01502, SAMEA3374989_03964, SAMEA3375004_04105, SAMEA3375059_03749 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A031WJ47, UniProt: A0A125V4E7*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase, Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With unknown physiological acceptors |
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-Non-polymers , 3 types, 13 molecules
#4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.59 Å3/Da / Density % sol: 73.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M calcium acetate; 14 % (v/v) PEG 400; 0.1 M MES, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→48.866 Å / Num. obs: 70563 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 104.56 Å2 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.2 Å / Redundancy: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 98.4 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KPU and 4L1F Resolution: 3.1→48.866 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 37.95 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 373.66 Å2 / Biso mean: 130.8201 Å2 / Biso min: 72.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→48.866 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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