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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oil | ||||||
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タイトル | InhA (T2A mutant) complexed with 1-cyclohexyl-3-(pyridin-3-ylmethyl)urea | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Inhibitor / complex / fragment based drug discovery / tuberculosis (結核) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.76 Å | ||||||
データ登録者 | Convery, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018 タイトル: Screening of a Novel Fragment Library with Functional Complexity against Mycobacterium tuberculosis InhA. 著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / ...著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / Green, S.R. / Huggett, M. / Barros, D. / Wyatt, P.G. / Ray, P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oil.cif.gz | 122.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oil.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oil.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oil | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28524.754 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-9VW / |
#4: 化合物 | ChemComp-ETX / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 35-42% Ethoxyethanol and 0.1M Mes pH 6.5-6.8. 5% glycerol used as cryoprotectant. Crystals were soaked to obtain ligand complex. PH範囲: 6.5-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.76→46.77 Å / Num. obs: 10717 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 51.38 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.76→2.95 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1885 / CC1/2: 0.818 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.76→46.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.514 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 4.839 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.293
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.86 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.76→46.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.76→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 45.2767 Å / Origin y: 47.8707 Å / Origin z: -88.2972 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |