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Yorodumi- PDB-5ob2: Crystal structure of the c-Src-SH3 domain E97T mutant in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ob2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the c-Src-SH3 domain E97T mutant in complex with the high affinity peptide APP12 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / beta shandwich | ||||||
Function / homology | Function and homology information Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / regulation of cell cycle / cell adhesion / cell cycle / phosphorylation / signaling receptor binding / focal adhesion / innate immune response / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Camara-Artigas, A. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of the c-Src-SH3 domain E97T mutant in complex with the high affinity peptide APP12 Authors: Camara-Artigas, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ob2.cif.gz | 85.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ob2.ent.gz | 65.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ob2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/5ob2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/5ob2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4jz4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6906.553 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SH3 DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: SRC / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase #2: Protein/peptide | Mass: 1412.705 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.14 % / Mosaicity: 0.31 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 1.9 M Ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate and 10% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2015 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→19.29 Å / Num. obs: 21432 / % possible obs: 93.1 % / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 12.93 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JZ4 Resolution: 1.8→19.288 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.53 / Phase error: 23.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.4 Å2 / Biso mean: 19.1468 Å2 / Biso min: 4.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→19.288 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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