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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o6u | ||||||
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タイトル | Structure of the Cascade-I-Fv R-loop complex from Shewanella putrefaciens | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / RNA SURVEILLANCE / ADAPTIVE IMMUNITY (獲得免疫系) / CRISPR (CRISPR) / CASCADE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Pausch, P. / Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Variation of Type I-F CRISPR RNA Guided DNA Surveillance. 著者: Pausch, P. / Muller-Esparza, H. / Gleditzsch, D. / Altegoer, F. / Randau, L. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o6u.cif.gz | 339.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o6u.ent.gz | 269.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Uncharacterized ... , 2種, 4分子 CDEF
#3: タンパク質 | 分子量: 35602.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) 遺伝子: Sputcn32_1821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y6G1 #4: タンパク質 | | 分子量: 37904.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) 遺伝子: Sputcn32_1822 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y6G2 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 HI
#5: DNA鎖 | 分子量: 6310.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 8485.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 13756.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20573.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (シェワネラ・プトレファシエンス) 遺伝子: Sputcn32_1823 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y6G3 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 22.5 % w/v PEG4000, 15 % v/v glycerol, 153 mM ammonium acetate and 85 mM sodium citrate pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.991 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.991 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→47.66 Å / Num. obs: 32784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 11.66 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.36 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→46.911 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.94
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→46.911 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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