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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o4h | ||||||
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タイトル | HcgC from Methanococcus maripaludis cocrystallized with SAM and pyridinol | ||||||
要素 | HcgC | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferases / biosynthesis (生合成) / protein structures / enzyme catalysis (酵素反応) / mutagenesis / [Fe]-hydrogenase / pyridinol / Hmd | ||||||
機能・相同性 | FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / 酢酸塩 / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Wagner, T. / Bai, L. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: A Water-Bridged H-Bonding Network Contributes to the Catalysis of the SAM-Dependent C-Methyltransferase HcgC. 著者: Bai, L. / Wagner, T. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o4h.cif.gz | 444.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o4h.ent.gz | 361.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/5o4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/5o4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30942.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A his-tagged has been placed in the C-terminal of the construct 由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) 細胞株: / / 遺伝子: MMP1498 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6LX54 |
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-非ポリマー , 6種, 718分子
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-PE4 / #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: Thick transparent hexagonal brick |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5 mg/ml of pure HcgC containing 2 mM SAM and 2 mM pyridinol was used and mixed at a ratio of 1 ul with 1 ul of precipitant composed of 50% v/v PEG 400, 100 mM NaAcetate pH 4.5 and 200 mM LiSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→47.85 Å / Num. obs: 106203 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 15490 / CC1/2: 0.421 / Rpim(I) all: 0.331 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5D4V 解像度: 1.75→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9603 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9512 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.099
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.215 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→47.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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