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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o10 | ||||||
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タイトル | Y48H mutant of human cytochrome c | ||||||
要素 | Cytochrome cシトクロムc | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / APOPTOSIS (アポトーシス) / Heme (ヘム) / haem (ヘム) / cytochrome c (シトクロムc) / metalloprotein (金属タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 ...Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / respirasome / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / Cytoprotection by HMOX1 / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å | ||||||
データ登録者 | Moreno-Chicano, T. / Deacon, O.M. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: Heightened Dynamics of the Oxidized Y48H Variant of Human Cytochrome c Increases Its Peroxidatic Activity. 著者: Deacon, O.M. / Karsisiotis, A.I. / Moreno-Chicano, T. / Hough, M.A. / Macdonald, C. / Blumenschein, T.M.A. / Wilson, M.T. / Moore, G.R. / Worrall, J.A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o10.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o10.ent.gz | 83.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o10.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/5o10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/5o10 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3zcfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11615.556 Da / 分子数: 2 / 変異: Y48H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P99999 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 33% PEG 6000 100mM Tris pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→54.25 Å / Num. obs: 45812 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/av σ(I): 13.3 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.39 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2124 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3zcf 解像度: 1.36→54.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.963 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.052 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.31 Å2 / Biso mean: 18.567 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.36→54.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.362→1.397 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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