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- PDB-5nzn: Complex of H275Y/S247N mutant variant of neuraminidase from H1N1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nzn
タイトルComplex of H275Y/S247N mutant variant of neuraminidase from H1N1 influenza virus with oseltamivir
要素Neuraminidaseノイラミニダーゼ
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / influenza (インフルエンザ) / complex / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G39 / ノイラミニダーゼ / ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Pachl, P. / Pokorna, J.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic13-19561S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1302 チェコ
Czech Academy of Sciences61388963 チェコ
Czech Academy of Sciences68378050 チェコ
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2018
タイトル: Kinetic, Thermodynamic, and Structural Analysis of Drug Resistance Mutations in Neuraminidase from the 2009 Pandemic Influenza Virus.
著者: Pokorna, J. / Pachl, P. / Karlukova, E. / Hejdanek, J. / Rezacova, P. / Machara, A. / Hudlicky, J. / Konvalinka, J. / Kozisek, M.
履歴
登録2017年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,62828
ポリマ－171,1194
非ポリマー4,50924
水24,5361362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.778, 127.538, 96.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 88 - 700 / Label seq-ID: 7

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - CA
2BB - DA
3CC - EA
4DD - FA

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.589309, -0.639213, -0.494087), (0.64661, 0.00652, 0.762792), (-0.484365, -0.769002, 0.417164)38.00786, -3.79636, 45.45171
3given(0.18197, 0.000473, -0.983304), (0.000631, -1, -0.000364), (-0.983304, -0.000554, -0.181971)40.1546, 55.79044, 48.29309
4given(0.592161, 0.640323, -0.489215), (-0.632752, -0.006437, -0.774327), (-0.498969, 0.768079, 0.401354)2.13021, 59.36474, 3.25467

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Neuraminidase / ノイラミニダーゼ


分子量: 42779.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W5R8B8, UniProt: C3W6G3*PLUS

-
糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1376分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト / オセルタミビル


分子量: 284.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O4 / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 8000,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→48.31 Å / Num. obs: 214537 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 22.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.41
反射 シェル解像度: 1.73→1.84 Å / 冗長度: 3.22 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Num. unique obs: 34153 / CC1/2: 0.732 / Rrim(I) all: 0.664 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NWE

5nwe


解像度: 1.73→48.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 3.035 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26138 2253 1.1 %RANDOM
Rwork0.22896 ---
obs0.2293 212283 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å2-0.79 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11984 0 285 1362 13631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.94617256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.125326092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.63851554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18624.159565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.301151917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3361569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02114507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2951.6096207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2931.6096206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7842.4087758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7842.4087759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8211.816469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8211.816469
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6322.6629497
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.83820.11614896
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.68419.76514616
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A2212medium positional0.070.5
B2212medium positional0.070.5
C2212medium positional0.080.5
D2212medium positional0.070.5
A3424loose positional0.285
B3424loose positional0.35
C3424loose positional0.295
D3424loose positional0.295
A2212medium thermal1.972
B2212medium thermal1.822
C2212medium thermal1.542
D2212medium thermal1.62
A3424loose thermal1.9910
B3424loose thermal1.8610
C3424loose thermal1.8110
D3424loose thermal1.8310
LS精密化 シェル解像度: 1.731→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 161 -
Rwork0.304 15185 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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