[日本語] English
万見
- PDB-5nyw: Anbu (ancestral beta-subunit) from Yersinia bercovieri -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nyw
タイトルAnbu (ancestral beta-subunit) from Yersinia bercovieri
要素Proteasome subunitプロテアソーム
キーワードUNKNOWN FUNCTION / ANBU / ANCESTRAL (先祖) / PROTEASOME (プロテアソーム) / BETA-SUBUNIT / 20S / HSLV / NTN-HYDROLASE
機能・相同性AZIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UNKNOWN / :
機能・相同性情報
生物種Yersinia bercovieri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Piasecka, A. / Czapinska, H. / Vielberg, M. / Szczepanowski, R.H. / Reed, S. / Groll, M. / Bochtler, M.
資金援助 ポーランド, 英国, 2件
組織認可番号国
National Science CentreNCN UMO-2013/08/S/NZ1/00681 ポーランド
Cardiff University 英国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Y. bercovieri Anbu crystal structure sheds light on the evolution of highly (pseudo)symmetric multimers.
著者: Piasecka, A. / Czapinska, H. / Vielberg, M.T. / Szczepanowski, R.H. / Kiefersauer, R. / Reed, S. / Groll, M. / Bochtler, M.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit
B: Proteasome subunit
C: Proteasome subunit
D: Proteasome subunit
E: Proteasome subunit
F: Proteasome subunit
G: Proteasome subunit
H: Proteasome subunit
I: Proteasome subunit
J: Proteasome subunit
K: Proteasome subunit
L: Proteasome subunit
M: Proteasome subunit
N: Proteasome subunit
O: Proteasome subunit
P: Proteasome subunit
Q: Proteasome subunit
R: Proteasome subunit
S: Proteasome subunit
T: Proteasome subunit
U: Proteasome subunit
V: Proteasome subunit
W: Proteasome subunit
X: Proteasome subunit
Y: Proteasome subunit
Z: Proteasome subunit
1: Proteasome subunit
2: Proteasome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)790,12775
ポリマ－786,85228
非ポリマー3,27547
水32,2471790
1
A: Proteasome subunit
B: Proteasome subunit
C: Proteasome subunit
D: Proteasome subunit
E: Proteasome subunit
F: Proteasome subunit
G: Proteasome subunit
H: Proteasome subunit
I: Proteasome subunit
J: Proteasome subunit
K: Proteasome subunit
L: Proteasome subunit
M: Proteasome subunit
N: Proteasome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,84736
ポリマ－393,42614
非ポリマー1,42222
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53580 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area116990 Å2
手法PISA
2
O: Proteasome subunit
P: Proteasome subunit
Q: Proteasome subunit
R: Proteasome subunit
S: Proteasome subunit
T: Proteasome subunit
U: Proteasome subunit
V: Proteasome subunit
W: Proteasome subunit
X: Proteasome subunit
Y: Proteasome subunit
Z: Proteasome subunit
1: Proteasome subunit
2: Proteasome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,27939
ポリマ－393,42614
非ポリマー1,85325
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53480 Å2
ΔGint-444 kcal/mol
Surface area117490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.535, 285.371, 179.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ12

#1: タンパク質 ...
Proteasome subunit / プロテアソーム / anbu


分子量: 28101.844 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia bercovieri (バクテリア)
遺伝子: ERS008506_03702 / プラスミド: PET20B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T9RXH3

-
非ポリマー , 7種, 1837分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-UNK / UNKNOWN / (S)-2-アミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H9NO2
#6: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド / アジ化物


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.1M BIS-TRIS PROPANE/HCL (pH 6.9); 18% w/v PEG 3350; 7.5% v/v ETHYLENE GLYCOL; 0.2M NA2SO4
PH範囲: 6.7 - 6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 325849 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.78 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.63
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 5.69 % / Rmerge(I) obs: 1.078 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Rsym value: 0.98 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NYG

5nyg


解像度: 2.501→49.185 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.42
詳細: NCS restraints have been used. TLS refinement has been performed. The assignment of ions and PEG molecules is tentative only and their coordination is perturbed due to the limited resolution ...詳細: NCS restraints have been used. TLS refinement has been performed. The assignment of ions and PEG molecules is tentative only and their coordination is perturbed due to the limited resolution (we have not restrained the protein-ion distances beyond the standard routines of the PHENIX software).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1983 0.61 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.1828 ---
obs0.1831 325791 99.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→49.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50963 0 147 1790 52900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00952028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25370397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.73519317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.501-2.56360.2814960.279222574X-RAY DIFFRACTION97
2.5636-2.63290.34421980.265723014X-RAY DIFFRACTION99
2.6329-2.71040.3525990.25123090X-RAY DIFFRACTION99
2.7104-2.79780.29752000.238323036X-RAY DIFFRACTION99
2.7978-2.89780.29461000.226723207X-RAY DIFFRACTION99
2.8978-3.01380.29861990.218422974X-RAY DIFFRACTION99
3.0138-3.1510.25731000.207423169X-RAY DIFFRACTION99
3.151-3.31710.2752990.208523268X-RAY DIFFRACTION99
3.3171-3.52480.2381980.185123114X-RAY DIFFRACTION99
3.5248-3.79690.20441000.171223242X-RAY DIFFRACTION99
3.7969-4.17880.21041990.160823153X-RAY DIFFRACTION99
4.1788-4.7830.2038990.151323281X-RAY DIFFRACTION99
4.783-6.02440.22841960.163723257X-RAY DIFFRACTION100
6.0244-49.1940.15291000.167223429X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2356-1.33360.38252.3459-0.01651.1913-0.0533-0.343-0.15410.12450.06450.26470.1676-0.3212-0.00470.4385-0.11110.14210.57340.05140.444915.3778-56.7981121.5795
21.47820.03770.97550.5387-0.02961.8276-0.0795-0.06880.2430.0591-0.03660.0323-0.0669-0.06840.10370.3065-0.02420.09030.5205-0.06330.63394.5079-33.147399.3657
31.1140.38730.56331.08950.37281.88230.00460.10140.0666-0.0445-0.0395-0.0574-0.11670.07160.04990.3166-0.03080.05120.40630.08120.570233.073-29.721281.6493
40.6716-0.24760.41.4085-0.68591.7845-0.0031-0.02240.01050.03470.03580.11230.00280.0707-0.03840.24330.00010.0350.4445-0.00060.531968.9738-49.898790.5683
51.69090.65120.42961.83170.44771.14890.02910.14280.0055-0.3227-0.0060.02630.05310.1041-0.03170.37450.0299-0.00120.43330.05570.33451.7292-48.637560.7201
62.07980.5866-0.03221.5620.25460.7825-0.11380.3641-0.0816-0.46540.0953-0.05370.2191-0.01030.00260.75610.0292-0.01730.5447-0.0150.368953.8196-81.28451.8939
71.3890.69670.12091.69510.26221.4383-0.06340.1606-0.2015-0.1889-0.0147-0.54730.10290.15210.0650.59190.16660.0980.4808-0.0050.64473.55-110.556875.5719
82.0703-0.1428-0.33671.5-0.24120.5997-0.14960.1482-0.0596-0.23280.1195-0.01680.1361-0.05270.03870.78690.0397-0.04770.5165-0.08950.346641.2097-110.096263.6254
91.4106-0.0205-0.1682.1655-0.2091.58020.01310.112-0.08640.15070.07070.1359-0.1562-0.1978-0.07690.53530.1173-0.05050.4283-0.07050.373625.4419-119.710291.6247
101.96050.3597-0.57141.4869-0.18240.64850.0564-0.1132-0.19280.3995-0.0609-0.0906-0.03830.04670.00550.77820.0372-0.10790.36410.05090.427244.2513-129.7702127.9284
111.3915-0.92360.29272.7346-0.140.8058-0.0501-0.1151-0.07630.28750.04730.1123-0.1072-0.02580.01990.7060.07680.09190.41760.0260.424919.7078-106.7072122.0086
121.7637-0.5020.25771.95920.62332.27680.0758-0.1232-0.16120.2480.0728-0.10240.43360.1045-0.12280.57640.0801-0.08760.3676-0.01950.449417.874635.0118215.871
131.4661-0.44430.48242.42670.06221.02060.08580.22060.023-0.0464-0.0697-0.33920.05850.255-0.00630.51250.09210.04880.52450.05510.447813.207349.9397186.2137
142.19490.26690.17771.30810.27491.2555-0.02160.13530.1805-0.0483-0.04150.0902-0.1026-0.05880.04480.52490.09730.01380.31890.04210.3429-18.500361.1739190.5787
152.2877-0.6178-0.16852.15280.59640.83270.04610.31780.1447-0.40960.0205-0.1259-0.08530.1409-0.05760.70180.07650.09180.61150.09050.3661-1.184242.538156.7589
161.75370.5862-0.49141.7997-0.04591.48470.10380.26930.0835-0.3304-0.17880.4053-0.2033-0.17670.07180.56480.2047-0.08450.5111-0.04730.4726-33.926442167.3226
171.51520.09880.1991.68970.06930.68130.04810.21260.067-0.4433-0.06990.0316-0.2363-0.00150.03320.75260.1545-0.00070.64170.01190.3541-13.544714.8137142.0109
180.1710.2520.09251.3064-0.09152.01380.03640.0897-0.0755-0.1007-0.08840.3573-0.0533-0.19750.07460.39190.1488-0.05950.5537-0.08490.5934-40.29449.0429163.2925
191.17540.6375-0.55651.8039-0.4741.4520.08490.21530.0247-0.2376-0.12250.1339-0.0583-0.19560.03360.38380.1221-0.02440.5559-0.09320.3743-11.8817-18.4596147.5829
200.5188-0.0702-0.48041.30810.7342.1420.03180.0402-0.0810.015-0.0512-0.0321-0.0606-0.11310.02590.29560.0348-0.03880.5366-0.0710.5968-29.425-19.6169177.2815
210.96640.4735-0.46711.3946-0.46832.210.02720.1056-0.086-0.0782-0.01-0.01570.09470.0212-0.01690.25550.0338-0.05550.3624-0.11230.43596.4411-39.3297166.8019
220.7636-0.19090.23052.31020.29071.7191-0.1249-0.15190.12140.20180.0404-0.0484-0.0702-0.0490.06580.3447-0.0294-0.06860.476-0.08510.4941-4.3853-28.6191197.6766
230.49110.0611-0.16262.456-0.73681.4955-0.0708-0.1488-0.02410.1887-0.02690.02080.02080.06760.07470.3153-0.03770.06440.43380.02130.464443.7149-42.6885111.4662
240.71010.26620.17541.01850.01142.01310.01340.11560.0885-0.10590.0042-0.39070.03120.2374-0.0020.4430.11810.06350.51670.00640.681679.9992-77.442674.2015
251.62360.8313-0.09141.1795-0.01031.0311-0.01560.055-0.29410.0507-0.0585-0.31150.01990.12060.07620.60590.099-0.05380.3625-0.0270.580457.0806-131.415496.5805
261.67480.02920.10030.95660.0290.71970.02910.08680.05790.07650.0834-0.07410.0761-0.0173-0.10430.60390.03580.03690.360.0080.3614-7.965356.926222.151
270.9080.21-0.68451.0247-0.19372.6175-0.12050.0558-0.1280.07180.0079-0.18250.05710.0250.12570.28090.0173-0.07840.4910.00920.556234.9778-37.1915184.7086
282.0366-1.21250.1172.26580.30271.0947-0.141-0.48160.41880.24330.1081-0.3515-0.23140.17850.04860.4897-0.0579-0.14230.6076-0.09920.5423.627-15.7572209.5116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 242)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 242)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 1 through 242)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'E' and resid 1 through 241)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'F' and resid 1 through 242)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'H' and resid 1 through 241)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'I' and resid 1 through 241)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'J' and resid 1 through 242)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'L' and resid 1 through 243)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'M' and resid 1 through 242)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'N' and resid 1 through 241)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'O' and resid 1 through 242)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'Q' and resid 1 through 243)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'R' and resid 1 through 243)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'S' and resid 1 through 242)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'T' and resid 1 through 242)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'U' and resid 1 through 242)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'V' and resid 1 through 241)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain 'W' and resid 1 through 241)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain 'X' and resid 1 through 242)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain 'Y' and resid 1 through 241)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain 'Z' and resid 1 through 242)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain 'C' and resid 1 through 243)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain 'G' and resid 1 through 242)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain 'K' and resid 1 through 241)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain 'P' and resid 1 through 241)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain '1' and resid 1 through 242)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain '2' and resid 1 through 241)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る